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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pqk | |||||||||||||||
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Title | APO crystal structure of PDGFRA-T674I kinase domain | |||||||||||||||
![]() | Platelet-derived growth factor receptor alpha![]() | |||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Teuber, A. / Mueller, M.P. / Rauh, D. | |||||||||||||||
Funding support | European Union, ![]()
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![]() | ![]() Title: Avapritinib-based SAR studies unveil a binding pocket in KIT and PDGFRA. Authors: Teuber, A. / Schulz, T. / Fletcher, B.S. / Gontla, R. / Muhlenberg, T. / Zischinsky, M.L. / Niggenaber, J. / Weisner, J. / Kleinbolting, S.B. / Lategahn, J. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Bauer, S. / Rauh, D. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 172.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 111.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8pq9C ![]() 8pqaC ![]() 8pqbC ![]() 8pqcC ![]() 8pqdC ![]() 8pqeC ![]() 8pqfC ![]() 8pqgC ![]() 8pqhC ![]() 8pqiC ![]() 8pqjC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data set type: diffraction image data / Details: https://www.proteindiffraction.org/project/8PQK/ |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 40226.371 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: T674I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P16234, ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10 mg/mL, 22% PEG3350, 100 mM Bis-Tris-Propane, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2022 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→47.12 Å / Num. obs: 23810 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 33.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 9.24 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Redundancy: 6.69 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 3145 / CC1/2: 0.782 / Rrim(I) all: 0.851 / % possible all: 98.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→43.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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