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- PDB-8pml: Structure of Nal1 protein , SPIKE allele from japonica rice, cons... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pml
タイトルStructure of Nal1 protein , SPIKE allele from japonica rice, construct 46-458
要素Protein NARROW LEAF 1
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / Serine protease (セリンプロテアーゼ)
機能・相同性stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / 核質 / 細胞質 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein NARROW LEAF 1
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Huang, L.Y. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071291 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201042 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071225 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870788 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: The catalytic triad of rice NARROW LEAF1 involves H234.
著者: Ling-Yun Huang / Na-Nv Liu / Wei-Fei Chen / Xia Ai / Hai-Hong Li / Ze-Lin Zhang / Xi-Miao Hou / Philippe Fossé / Olivier Mauffret / Dong-Sheng Lei / Stephane Rety / Xu-Guang Xi /
要旨: NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that ...NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that unlike suggested previously, H234 instead of H233 is a component of the catalytic triad alongside residues D291 and S385 in NAL1. Remarkably, residue 233 unexpectedly plays a pivotal role in regulating NAL1's proteolytic activity. These findings establish a strong foundation for utilizing NAL1 in breeding programs aimed at improving crop yield.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein NARROW LEAF 1
B: Protein NARROW LEAF 1
C: Protein NARROW LEAF 1
D: Protein NARROW LEAF 1
E: Protein NARROW LEAF 1
F: Protein NARROW LEAF 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,45618
ポリマ－271,2676
非ポリマー3,18912
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27650 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area93540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.428, 193.360, 84.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質
Protein NARROW LEAF 1 / Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / ...Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / Protein SPIKELET NUMBER


分子量: 45211.141 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147
プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES 10% PEG 5000 MME 10% 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.948→129.924 Å / Num. obs: 47426 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 71.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.948→3.19 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.957 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2372 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.553 / Rrim(I) all: 2.035 / % possible all: 52.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_4903精密化
XDSBUILT 20200131データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→87.71 Å / SU ML: 0.3696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.8077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 2269 4.79 %
Rwork0.2051 45074 -
obs0.2074 47343 77.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18585 0 192 0 18777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006119185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.137726082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05652903
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00583382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.89446890
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.010.466170.3213151X-RAY DIFFRACTION4.17
3.01-3.080.2915190.2946441X-RAY DIFFRACTION12.29
3.08-3.160.4147440.31431001X-RAY DIFFRACTION27.95
3.16-3.240.3492950.31252209X-RAY DIFFRACTION60.47
3.24-3.340.37271520.30053191X-RAY DIFFRACTION88.7
3.34-3.430.31871390.27562935X-RAY DIFFRACTION97.84
3.45-3.570.32691570.26323400X-RAY DIFFRACTION99.78
3.57-3.710.27361480.24892926X-RAY DIFFRACTION81.5
3.71-3.880.29722100.23953595X-RAY DIFFRACTION99.95
3.88-4.090.2531650.20893088X-RAY DIFFRACTION85.31
4.09-4.340.24081790.1733615X-RAY DIFFRACTION99.84
4.34-4.680.19921780.15653667X-RAY DIFFRACTION99.97
4.68-5.150.21961930.16353640X-RAY DIFFRACTION99.97
5.15-5.90.24811790.19263676X-RAY DIFFRACTION99.84
5.9-7.430.2642110.21713692X-RAY DIFFRACTION99.8
7.43-87.710.19391930.1733847X-RAY DIFFRACTION98.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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