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- PDB-8pe3: Structure of Csm6' from Streptococcus thermophilus in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pe3
タイトルStructure of Csm6' from Streptococcus thermophilus in complex with cyclic hexa-adenylate (cA6)
要素
  • CRISPR system endoribonuclease Csm6'
  • Cyclic hexaadenosine monophosphate (cA6)
  • RNAリボ核酸
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / CARF / HEPN / cA6 / RNAse (リボヌクレアーゼ)
機能・相同性CRISPR-associated protein Csm6 / Cas_Csm6 HEPN domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / RNA binding / リボ核酸 / CRISPR system endoribonuclease Csm6'
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者McQuarrie, S.J. / Athukoralage, J.S. / McMahon, S.A. / Graham, S. / Ackerman, K. / Bode, B.E. / White, M.F. / Gloster, T.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust204821/Z/16/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004789/1 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Activation of Csm6 ribonuclease by cyclic nucleotide binding: in an emergency, twist to open.
著者: McQuarrie, S. / Athukoralage, J.S. / McMahon, S.A. / Graham, S. / Ackermann, K. / Bode, B.E. / White, M.F. / Gloster, T.M.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 2.02023年10月25日Group: Polymer sequence / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_poly
Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.type
改定 3.02023年11月1日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly.type / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id
改定 3.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system endoribonuclease Csm6'
B: CRISPR system endoribonuclease Csm6'
C: Cyclic hexaadenosine monophosphate (cA6)
D: RNA
E: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9885
ポリマ－93,9885
非ポリマー00
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.906, 99.906, 286.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CRISPR system endoribonuclease Csm6' / CRISPR type III-A associated protein Csm6-2


分子量: 45104.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm6' / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A7HFE6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 Cyclic hexaadenosine monophosphate (cA6)


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 924.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.85 M sodium malonate and 5 % ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→94.33 Å / Num. obs: 57416 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.96→2.2 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.352 / Num. unique obs: 2872 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 1.405 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
STARANISOデータスケーリング
autoPROCデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→22.34 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2894 5.05 %
Rwork0.1976 --
obs0.1996 57294 54.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→22.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6030 0 264 293 6587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.878782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9521072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-1.990.556430.3969X-RAY DIFFRACTION1
1.99-2.030.5168190.3071225X-RAY DIFFRACTION5
2.03-2.060.43190.3448396X-RAY DIFFRACTION8
2.06-2.10.3795240.3524514X-RAY DIFFRACTION11
2.1-2.150.2405280.316663X-RAY DIFFRACTION14
2.15-2.190.299440.3197830X-RAY DIFFRACTION18
2.19-2.240.3738590.3156968X-RAY DIFFRACTION21
2.24-2.30.317490.29871165X-RAY DIFFRACTION25
2.3-2.360.306700.30981438X-RAY DIFFRACTION31
2.36-2.430.3185840.29131708X-RAY DIFFRACTION36
2.43-2.510.35471170.29241987X-RAY DIFFRACTION43
2.51-2.60.32921570.29822624X-RAY DIFFRACTION56
2.6-2.70.31211900.28273636X-RAY DIFFRACTION77
2.7-2.830.2962210.27834381X-RAY DIFFRACTION93
2.83-2.980.28782190.26324752X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.160.3072410.24124758X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.25452450.20654766X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.750.22572690.17364769X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.280.19292930.14644790X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.390.17732560.14194878X-RAY DIFFRACTION100
5.39-22.340.20462870.16895083X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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