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- PDB-8pat: Structure of the E.coli DNA polymerase sliding clamp with a coval... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pat
タイトルStructure of the E.coli DNA polymerase sliding clamp with a covalently bound peptide 3.
要素
  • ACE-GLN-ALC-GLX-LEU-PHE
  • Beta sliding clamp
キーワードREPLICATION (DNA複製) / sliding clamp (DNAクランプ) / covalent peptide / antibiotics (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Compain, G. / Monsarrat, C. / Blagojevic, J. / Brillet, K. / Dumas, P. / Hammann, P. / Kuhn, L. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. ...Compain, G. / Monsarrat, C. / Blagojevic, J. / Brillet, K. / Dumas, P. / Hammann, P. / Kuhn, L. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Burnouf, D. / Guichard, G.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-ASTR-0002 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE18-0037 フランス
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Peptide-Based Covalent Inhibitors Bearing Mild Electrophiles to Target a Conserved His Residue of the Bacterial Sliding Clamp.
著者: Compain, G. / Monsarrat, C. / Blagojevic, J. / Brillet, K. / Dumas, P. / Hammann, P. / Kuhn, L. / Martiel, I. / Engilberge, S. / Olieric, V. / Wolff, P. / Burnouf, D.Y. / Wagner, J. / Guichard, G.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
H: ACE-GLN-ALC-GLX-LEU-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6782
ポリマ－41,6782
非ポリマー00
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The structure and assembly of the E.coli dnaN protein is well known (6FVL) and many structures have been solved, indicating the dimeric structure of the sliding clamp
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.840, 66.570, 80.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp


分子量: 40949.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SLM2
#2: タンパク質・ペプチド ACE-GLN-ALC-GLX-LEU-PHE


分子量: 727.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Potassium nitrate 20% PEG 3350, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→54.81 Å / Num. obs: 79966 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.37→1.45 Å / Num. unique obs: 3999 / CC1/2: 0.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→54.81 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 1892 2.49 %
Rwork0.1571 --
obs0.158 75874 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→54.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2919 0 0 379 3298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4154120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.036425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.119468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.3807830.31063276X-RAY DIFFRACTION59
1.49-1.530.34051210.27034720X-RAY DIFFRACTION85
1.53-1.570.29821410.22035330X-RAY DIFFRACTION96
1.57-1.620.26831270.18595463X-RAY DIFFRACTION98
1.62-1.680.22971520.15985421X-RAY DIFFRACTION98
1.68-1.750.20281330.15075502X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.830.1881390.14355469X-RAY DIFFRACTION98
1.83-1.920.19491370.14155450X-RAY DIFFRACTION98
1.92-2.040.2011430.14075504X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.20.17441410.13835562X-RAY DIFFRACTION99
2.2-2.420.17121470.1415516X-RAY DIFFRACTION99
2.42-2.770.21411390.1555534X-RAY DIFFRACTION98
2.77-3.490.20111490.16355587X-RAY DIFFRACTION100
3.49-54.810.17261400.15675648X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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