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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oul | ||||||
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タイトル | Arf GTPase from the asgard Hodarchaea : HodArfR1 bound to GDP | ||||||
要素 | Arf GTPase | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GTPASE (GTPアーゼ) / GDP / ARF FAMILY / ASGARD ARCHAEA (アスガルド古細菌) | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Asgard group (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Menetrey, J. / Jackson, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Arf Family GTPases are present in Asgard archaea 著者: Menetrey, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oul.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oul.ent.gz | 90.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oul.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oul | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8oukC 8oumC 8ounC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21796.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Asgard group (古細菌) / 遺伝子: OLS23013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M Lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→70.3 Å / Num. obs: 10627 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1678 / CC1/2: 0.063 / Rrim(I) all: 0.269 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→48.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.635
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60.99 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 23
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