+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oum | ||||||
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Title | Arf GTPase from the asgard Gerdarchaea : GerdArfR1 bound to GTP | ||||||
Components | GTP-binding proteinG protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / GTPASE / GTP / ARF FAMILY / ASGARD ARCHAEA / Gerdarchaea | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Asgard group archaeon (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.67 Å | ||||||
Authors | Menetrey, J. / Jackson, C. / Dacks, J.B. / Elias, M. / Vargova, R. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Arf Family GTPases are present in Asgard archaea Authors: Menetrey, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oum.cif.gz | 349.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oum.ent.gz | 284.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8oum.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oum | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8oukC 8oulC 8ounC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20190.365 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Arf GTPase / Source: (gene. exp.) Asgard group archaeon (archaea) / Gene: FK733_07565 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A8J7ZFD1 #2: Chemical | ChemComp-GTP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 8.5% PEG 8000, 0.1M MgCl2 and 0.1M Tris pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.980112 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 27, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.980112 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.67→48 Å / Num. obs: 32436 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 2.67→2.83 Å / Num. unique obs: 4627 / CC1/2: 0.446 / Rrim(I) all: 0.26 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.67→46.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.7 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.69 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.329
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Displacement parameters | Biso mean: 68.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.67→46.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.67→2.71 Å / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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