+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8os6 | ||||||
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Title | Structure of a GFRA1/GDNF LICAM complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / Adhesion / Synapse / Complex / signalling | ||||||
Function / homology | Function and homology information RAF/MAP kinase cascade / : / diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission ...RAF/MAP kinase cascade / : / diencephalon development / positive regulation of ureteric bud formation / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / regulation of dopaminergic neuron differentiation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / enteric nervous system development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / peristalsis / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / mRNA stabilization / metanephros development / neural crest cell migration / branching involved in ureteric bud morphogenesis / MAP kinase kinase kinase activity / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / neuron projection development / signaling receptor activity / nervous system development / protein-containing complex assembly / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / external side of plasma membrane / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.66 Å | ||||||
Authors | Houghton, F.M. / Adams, S.E. / Briggs, D.C. / McDonald, N.Q. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Architecture and regulation of a GDNF-GFRα1 synaptic adhesion assembly. Authors: F M Houghton / S E Adams / A S Ríos / L Masino / A G Purkiss / D C Briggs / F Ledda / N Q McDonald / Abstract: Glial-cell line derived neurotrophic factor (GDNF) bound to its co-receptor GFRα1 stimulates the RET receptor tyrosine kinase, promoting neuronal survival and neuroprotection. The GDNF-GFRα1 ...Glial-cell line derived neurotrophic factor (GDNF) bound to its co-receptor GFRα1 stimulates the RET receptor tyrosine kinase, promoting neuronal survival and neuroprotection. The GDNF-GFRα1 complex also supports synaptic cell adhesion independently of RET. Here, we describe the structure of a decameric GDNF-GFRα1 assembly determined by crystallography and electron microscopy, revealing two GFRα1 pentamers bridged by five GDNF dimers. We reconsitituted the assembly between adhering liposomes and used cryo-electron tomography to visualize how the complex fulfils its membrane adhesion function. The GFRα1:GFRα1 pentameric interface was further validated both in vitro by native PAGE and in cellulo by cell-clustering and dendritic spine assays. Finally, we provide biochemical and cell-based evidence that RET and heparan sulfate cooperate to prevent assembly of the adhesion complex by competing for the adhesion interface. Our results provide a mechanistic framework to understand GDNF-driven cell adhesion, its relationship to trophic signalling, and the central role played by GFRα1. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8os6.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8os6.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8os6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8os6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8os6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3fubS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 20 molecules ACEGIKMOQSBDFHJLNPRT
#1: Protein | Mass: 29249.277 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: gfralpha1a, zgc:110129, gfra1a / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q98TT9 #2: Protein | Mass: 11338.884 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: gdnf / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q98TU0 |
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-Sugars , 4 types, 18 molecules
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | #5: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 1 types, 19 molecules
#7: Water | ChemComp-HOH / |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 303 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100mM Tris pH 7.5 100mM NaCl 3% (v/v) Acetonitrile 5% (w/v)PEG 20k Temp details: Room Temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 30, 2017 |
Radiation | Monochromator: Single Bounce / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→90.45 Å / Num. obs: 140996 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 77.01 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 4.75 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 6703 / CC1/2: 0.281 / % possible all: 95.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3FUB Resolution: 2.66→90.45 Å / SU ML: 0.529 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 37.4716 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 82.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.66→90.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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