PDB-8ooz: Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ooz

タイトル

Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis in complex with MgATP at 2.7 A resolution

要素

Glutamine synthetase

グルタミンシンテターゼ

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / Nitrogen-assimilation /

methanogenic archaea (メタン菌) /

conformational change (コンフォメーション変化) / methylotrophic /

thermophile (好熱菌) /

ammonia (アンモニア) /

glutamate (グルタミン酸) /

ATP (アデノシン三リン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process /

glutamine synthetase activity /

ATP binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Mueller, M.-C. / Lemaire, O.N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Differences in regulation mechanisms of glutamine synthetases from methanogenic archaea unveiled by structural investigations.
著者: Muller, M.C. / Lemaire, O.N. / Kurth, J.M. / Welte, C.U. / Wagner, T.

履歴

登録	2023年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ooz.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ooz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ooz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8ooz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8oolC 8oonC 8oooC 8ooqC 8oowC 8ooxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

G: Glutamine synthetase

H: Glutamine synthetase

I: Glutamine synthetase

J: Glutamine synthetase

K: Glutamine synthetase

L: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

602 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.548, 197.399, 135.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Glutamine synthetase / グルタミンシンテターゼ分子量: 49586.387 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 18856 / 組織: / / 参照: UniProt: A0A832VZP6

-
非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.22 % / 解説: Rectangular rod
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and obtained through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United ...詳細: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and obtained through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under anaerobic conditions (N2:H2, gas ratio of 97:3). Crystallization was performed at 9 mg/ml glutamine synthetase in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, and 2 mM dithiothreitol. The reservoir contained 90 ul precipitant (1.6 M sodium citrate tribasic dihydrate). 0.55 uL protein was mixed with 0.55 uL precipitant. Crystals were soaked for 4 min in the crystallization solution supplemented with 10 mM ATP/Mg2+/sodium glutamate and then back soaked in the crystallization solution supplemented with 25% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.22 % / 解説: Rectangular rod

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: The protein was crystallized fresh without any freezing step, and obtained through the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→78.845 Å / Num. obs: 128572 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 65.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.878 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6429 / CC_1/2: 0.701 / R_pim(I) all: 0.37 / R_rim(I) all: 0.784 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→49.1 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was performed with PHENIX and BUSTER in combination with fast automatic visual model building in COOT. All models were systematically validated by using Molprobity. The model was ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	6728	5.23 %
R_work	0.1961	-	-
obs	0.1972	128533	68.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	40815	0	431	33	41279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	42182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.348	57246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.205	15866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	6231
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	7474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.3375	21	0.3146	597	X-RAY DIFFRACTION	10
2.73-2.76	0.3026	48	0.2803	897	X-RAY DIFFRACTION	15
2.76-2.8	0.2831	62	0.2696	1161	X-RAY DIFFRACTION	20
2.8-2.83	0.3188	75	0.2749	1421	X-RAY DIFFRACTION	24
2.83-2.87	0.3194	122	0.2824	1651	X-RAY DIFFRACTION	28
2.87-2.91	0.3345	131	0.2938	1875	X-RAY DIFFRACTION	32
2.91-2.95	0.3166	109	0.2968	2218	X-RAY DIFFRACTION	37
2.95-2.99	0.3141	164	0.2886	2571	X-RAY DIFFRACTION	44
2.99-3.04	0.3055	190	0.2943	3109	X-RAY DIFFRACTION	53
3.04-3.09	0.312	191	0.2852	3598	X-RAY DIFFRACTION	61
3.09-3.14	0.3409	208	0.2721	4130	X-RAY DIFFRACTION	69
3.14-3.2	0.3125	242	0.2671	4493	X-RAY DIFFRACTION	76
3.2-3.26	0.3207	233	0.2689	4995	X-RAY DIFFRACTION	84
3.26-3.33	0.2798	286	0.256	5525	X-RAY DIFFRACTION	93
3.33-3.4	0.2751	331	0.2596	5788	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4-3.48	0.3049	74	0.2696	1107	X-RAY DIFFRACTION	19
3.48-3.57	0.2883	326	0.2392	5962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.64	0.2683	244	0.2389	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.77	0.2726	234	0.2354	4376	X-RAY DIFFRACTION	97
3.77-3.86	0.2572	234	0.2183	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.03	0.2079	188	0.1977	4130	X-RAY DIFFRACTION	98
4.03-4.2	0.2046	334	0.178	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.39	0.1973	296	0.1698	5991	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.62	0.1802	317	0.1493	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.91	0.1694	328	0.154	5950	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.28	0.1878	361	0.1582	5900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-5.82	0.2149	345	0.1898	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-6.66	0.218	344	0.2022	5943	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-8.38	0.189	370	0.1861	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
8.38-49.1	0.1441	320	0.1481	6022	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8755	1.783	1.4887	5.233	1.6277	1.3148	-0.0753	0.0735	0.1387	-0.082	-0.0864	0.6137	0.0324	-0.1401	0.18	0.2938	0.0609	0.0232	0.4134	0.03	0.4769	-6.2878	-3.5382	6.1339
2	4.2357	0.0769	-2.9031	4.3663	2.2601	3.2137	0.0806	-0.2789	0.2927	0.5237	-0.1012	0.586	-0.0814	0.1893	0.0434	0.6188	-0.063	-0.0024	0.3749	-0.0867	0.3402	52.3298	30.2711	72.5573
3	6.3808	-2.6308	-1.4946	8.1453	-3.4085	2.6292	0.3068	-0.1007	0.1188	0.0879	-0.2427	0.0135	0.302	0.2435	-0.0861	0.6153	-0.0804	-0.0046	0.3062	-0.076	0.2577	57.2277	30.018	71.4779
4	3.6042	1.1495	1.0388	2.7667	2.0343	4.8276	-0.2634	0.3282	0.3066	-0.0331	-0.0033	0.3671	-0.1872	0.0838	0.2083	0.4316	-0.0367	-0.1211	0.2437	0.0733	0.3711	66.8014	22.777	54.3439
5	1.4163	0.177	0.6715	2.8203	0.3485	1.569	-0.0832	0.1454	0.2344	-0.0074	0.0537	-0.4237	-0.1971	0.2407	0.0306	0.331	-0.0598	-0.0014	0.3365	0.0356	0.2572	72.1174	24.8127	55.6575
6	4.8384	0.8119	-0.4408	3.8303	0.1047	2.1973	-0.0169	0.289	-0.1992	0.1246	0.0198	-1.01	0.0973	0.4616	0.0129	0.3454	0.0277	-0.0963	0.3997	0.0194	0.4039	83.9908	16.0097	58.9433
7	1.7355	0.3029	1.5406	5.64	4.0103	4.3698	-0.5	-0.1253	-0.0801	0.7102	-0.0709	0.3986	0.035	0.6386	0.3481	0.5183	-0.0693	0.0365	0.3074	0.1166	0.3062	66.2431	-2.4873	59.001
8	3.3584	-0.4646	-0.4027	6.6455	1.1636	4.7891	-0.2427	-0.2109	0.154	0.5187	0.0751	-0.0059	-0.5513	0.0153	0.2264	0.4571	-0.0439	-0.0726	0.4183	0.0331	0.3894	70.6934	39.0072	37.8817
9	2.8274	1.3203	0.7446	3.1005	0.9697	2.2416	-0.1745	-0.0112	0.3119	-0.113	0.0501	0.1709	-0.1788	-0.0524	0.1098	0.2747	-0.0114	-0.0397	0.3521	0.1049	0.3276	64.1823	31.7967	18.7086
10	2.2596	0.7136	-0.1645	4.3105	-0.3735	2.8996	-0.1796	0.6702	0.3674	-1.0296	0.0856	-0.2338	-0.2719	0.2861	0.0682	0.4666	-0.09	0.0384	0.6469	0.1263	0.3998	78.3815	31.2297	3.5029
11	1.5967	0.5064	-0.2498	4.2318	0.8254	1.1668	0.0557	0.1888	0.1021	0.1092	0.0134	-0.571	0.0874	0.4249	-0.0723	0.2437	0.0712	0.006	0.5234	0.1179	0.3834	78.9217	11.9791	16.3766
12	4.5783	-0.6579	1.3314	4.8154	-1.1241	3.3979	0.4493	-0.0511	-1.0927	0.0267	0.1893	0.3421	0.8725	0.0164	-0.5676	0.5251	0.0795	-0.0891	0.3778	-0.0151	0.4859	62.4855	-33.0089	-1.7944
13	5.0662	-1.9764	-0.2195	0.9217	1.1017	9.6435	0.2385	0.3927	0.0158	-0.3869	-0.0002	0.2671	-0.4344	0.959	-0.2324	0.5104	0.0896	-0.0485	0.4386	-0.0236	0.369	61.7571	-24.1189	-9.1189
14	5.7357	2.5428	2.1366	7.0481	0.1884	2.7589	0.0562	0.6165	-0.4611	-0.379	0.1588	-0.7416	0.2665	0.4889	-0.1979	0.5278	0.1931	0.0246	0.4873	-0.0741	0.5034	67.4579	-26.9274	-5.135
15	2.2931	0.0831	1.0038	2.4365	0.2369	0.4213	0.0158	0.2355	-0.4429	-0.5939	0.037	-0.1713	-0.0351	0.8584	-0.0427	0.483	0.1525	0.2046	0.6603	0.0318	0.496	80.3515	-22.1129	5.3632
16	2.1084	0.6541	-0.5008	4.8262	2.1888	6.6317	-0.0808	-0.1797	-0.1694	0.4315	0.01	0.4963	0.9277	0.2609	0.064	0.5505	0.1409	0.0302	0.5122	0.148	0.4661	67.7513	-22.9642	22.3964
17	1.0824	-0.4469	-0.109	4.0465	0.4449	3.0982	-0.0319	0.1725	-0.3821	-0.1452	-0.0562	0.198	0.0408	-0.0145	0.0734	0.2709	0.1201	0.0554	0.3977	0.0512	0.3927	67.3966	-18.1269	14.7357
18	4.8127	-2.4669	0.401	4.8673	0.258	0.8704	-0.2476	-0.0781	-0.5134	0.4884	0.0547	-0.643	0.3937	0.8177	0.1001	0.3289	0.1638	0.0409	0.8095	0.0998	0.5627	89.4547	-17.092	14.3151
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60	4.5343	1.3286	-2.9203	1.2069	-0.0158	2.9235	-0.2295	0.0459	0.2666	0.5293	0.0376	0.8113	0.5841	-0.4616	0.1706	0.6324	-0.0309	0.0774	0.7608	0.0271	0.5049	19.865	-30.1693	84.3135
61	0.36	-0.2915	-0.1773	4.4598	-0.5138	1.1111	0.0508	-0.2101	0.0284	0.4674	0.0921	0.0064	0.007	0.056	-0.1213	0.5227	-0.0794	0.0266	0.4539	-0.048	0.2569	34.561	-15.4727	77.1896
62	5.8462	-1.8076	-0.1897	8.9029	-0.9767	7.1582	-0.2383	-0.0323	-0.1577	0.1888	0.1926	-0.0814	0.4268	-0.1168	0.0338	0.3976	-0.0842	0.0369	0.3841	-0.0158	0.3763	-0.2372	-37.4503	15.9434
63	3.1498	1.5485	-0.2236	3.1351	-0.0233	3.6982	-0.2276	0.0977	-0.0583	-0.2016	0.3337	-0.0853	-0.0325	0.1771	-0.0982	0.3092	0.1141	-0.022	0.2611	-0.0805	0.4457	3.9581	-22.5	2.7468
64	1.7108	0.1268	0.8936	2.1945	0.8099	2.0656	-0.014	0.3746	0.0564	-0.5703	0.1129	-0.0706	0.1745	0.2032	-0.1009	0.4435	-0.0337	-0.0044	0.4244	0.0058	0.3858	4.6001	-20.4318	-5.793
65	1.3917	-1.6659	0.0962	3.1599	-2.5268	6.134	0.3308	0.4005	0.2252	-0.4134	-0.2983	-0.021	-0.7016	0.3711	-0.0264	0.673	-0.1371	-0.05	0.5736	0.0626	0.5367	-5.9934	-11.4441	-14.9577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 382 through 442 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 164 through 296 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 297 through 408 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 409 through 442 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 99 through 241 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 242 through 381 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 382 through 442 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 30 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 31 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 67 through 107 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 108 through 138 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 139 through 201 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 202 through 241 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 242 through 340 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 341 through 381 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 382 through 442 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 3 through 98 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 99 through 241 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 242 through 408 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 409 through 442 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 3 through 107 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 108 through 201 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 202 through 442 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 3 through 107 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 108 through 241 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 242 through 340 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 341 through 381 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 382 through 442 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 3 through 30 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 31 through 65 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 66 through 107 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 108 through 201 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 202 through 241 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 242 through 340 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 341 through 380 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 381 through 442 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 3 through 45 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 46 through 87 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 88 through 138 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 139 through 177 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 178 through 241 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 242 through 340 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 341 through 381 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 382 through 442 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 3 through 107 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 108 through 201 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 202 through 442 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 2 through 201 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 202 through 442 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 3 through 30 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 31 through 57 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 58 through 107 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 108 through 138 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 139 through 163 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'K' and (resid 164 through 340 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'K' and (resid 341 through 380 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'K' and (resid 381 through 442 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'L' and (resid 2 through 98 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 99 through 161 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 162 through 340 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resid 341 through 381 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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