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Yorodumi- PDB-8oon: Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oon | |||||||||
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Title | Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus at a resolution of 2.43 A | |||||||||
Components | Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus | |||||||||
Keywords | LIGASE / Nitrogen-assimilation / methanogenic archaea / allosteric activation / hydrogenotrophic / thermophile / marine / glutamate / ATP | |||||||||
Biological species | Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43 Å | |||||||||
Authors | Mueller, M.-C. / Lemaire, O.N. / Wagner, T. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024 Title: Differences in regulation mechanisms of glutamine synthetases from methanogenic archaea unveiled by structural investigations. Authors: Muller, M.C. / Lemaire, O.N. / Kurth, J.M. / Welte, C.U. / Wagner, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oon.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oon.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8oon.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oon | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50296.039 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Strain: DSM 2095 / Tissue: / / References: glutamine synthetase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.79 % / Description: Hexagonal plates |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: Protein was crystallized fresh without any freezing step by using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under ...Details: Protein was crystallized fresh without any freezing step by using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI, United Kingdom) under anaerobic conditions (N2:H2, gas ratio of 97:3). The enzyme was crystallized at 15 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 150 mM NaCl, and 2 mM dithiothreitol. The crystallization reservoir contained 90 uL of mother liquor (20 % w/v polyethylene glycol 3,350 and 100 mM potassium sodium tartrate), the crystallization drop contained a mixture of 0.55 uL protein and 0.55 uL mother liquor. Crystals were soaked in the mother liquor supplemented with 25% v/v ethylene glycol prior to freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00004 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→76.675 Å / Num. obs: 102291 / % possible obs: 93.3 % / Redundancy: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.269 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.279 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.567 Å / Redundancy: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 1.795 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5117 / CC1/2: 0.782 / Rpim(I) all: 0.464 / Rrim(I) all: 1.855 / % possible all: 49.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43→58.89 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 205.88 / Phase error: 34.94 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F Details: The structure was refined by applying translation libration screw model (TLS) and adding riding hydrogens. In addition, this dataset was refined by applying the following twin operator: ...Details: The structure was refined by applying translation libration screw model (TLS) and adding riding hydrogens. In addition, this dataset was refined by applying the following twin operator: 1/2h+1/2k,3/2h-1/2k,-l. Hydrogens were omitted in the final deposited model.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.43→58.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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