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- PDB-8ofq: Human adenovirus type 25 fiber-knob protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ofq
タイトルHuman adenovirus type 25 fiber-knob protein
要素Fiber繊維
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Adenovirus (アデノウイルス) / Fiber knob / Ad25
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 繊維
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 25 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Mundy, R.M. / Baker, A.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N0137941/1 英国
Wellcome Trust517732 英国
引用ジャーナル: Npj Viruses / 年: 2023
タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus.
著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
G: Fiber
H: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,70413
ポリマ－170,2478
非ポリマー4565
水22,1581230
1
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9394
ポリマ－63,8433
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21980 Å2
2
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0015
ポリマ－63,8433
非ポリマー1582
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21580 Å2
3
G: Fiber
ヘテロ分子

G: Fiber
ヘテロ分子

G: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4499
ポリマ－63,8433
非ポリマー6076
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area22200 Å2
4
H: Fiber

H: Fiber

H: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8433
ポリマ－63,8433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)126.552, 126.552, 251.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-401-

SO4

21G-401-

SO4

31G-659-

HOH

41G-673-

HOH

51H-534-

HOH

61H-538-

HOH

71H-545-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414
1515
1616
1717
1818
1919
2020
2121
2222
2323
2424
2525
2626
2727
2828

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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24
25
26
27
28

-
要素

#1: タンパク質
Fiber / 繊維


分子量: 21280.912 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 25 (ヒトアデノウイルス)
株: 25 / 遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M0QUM1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M SPG buffer, 25 % w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→82.62 Å / Num. obs: 198233 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.284 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 14640 / CC1/2: 0.484 / Rpim(I) all: 0.815 / Rrim(I) all: 1.418 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å82.61 Å
Translation1.6 Å82.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→82.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.011 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19791 9768 4.9 %RANDOM
Rwork0.17217 ---
obs0.17342 188438 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.101 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→82.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11576 0 26 1230 12832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01212188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01511406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.6516629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.58626290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.73651489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.08324.57604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77152083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.7231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6061.7055896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6061.7055895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8072.5427405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8072.5427406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6761.8926292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6761.8936293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4952.779225
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.14921.39513921
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.10720.6813589
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A60390.08
12B60390.08
21A60640.08
22C60640.08
31A60500.09
32D60500.09
41A60350.09
42E60350.09
51A60590.08
52F60590.08
61A60460.09
62G60460.09
71A60630.08
72H60630.08
81B61630.07
82C61630.07
91B62020.07
92D62020.07
101B61620.08
102E61620.08
111B61570.07
112F61570.07
121B61170.08
122G61170.08
131B61630.08
132H61630.08
141C61550.07
142D61550.07
151C61680.07
152E61680.07
161C61250.07
162F61250.07
171C61430.07
172G61430.07
181C61120.09
182H61120.09
191D60850.09
192E60850.09
201D60800.08
202F60800.08
211D60960.08
212G60960.08
221D60620.09
222H60620.09
231E61030.08
232F61030.08
241E60810.09
242G60810.09
251E61300.07
252H61300.07
261F61630.08
262G61630.08
271F61770.08
272H61770.08
281G61470.1
282H61470.1
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 765 -
Rwork0.292 13805 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61110.3916-0.09953.2513-0.89631.25830.08510.1467-0.096-0.17980.00070.18840.1233-0.1362-0.08570.02380.0051-0.0240.054-0.02110.0325-19.835736.1577-2.84
22.89341.32481.07721.89180.66772.70050.00450.3177-0.3443-0.0949-0.0139-0.22280.12590.30050.00940.04640.03480.03280.0973-0.01930.077.429632.1294-3.858
32.0186-0.9464-0.49462.72031.17982.5389-0.0544-0.2139-0.27640.2026-0.001-0.00030.43290.01160.05540.1063-0.0029-0.00580.04130.04040.0512-6.620926.033219.1167
41.2380.8691-0.75222.7679-1.23122.50050.0151-0.08090.07980.294-0.0420.3035-0.1634-0.15990.02690.0638-0.00180.04010.0592-0.03910.0592-41.469771.293741.6684
52.8668-0.9523-1.37431.69160.28952.48270.03450.2552-0.0898-0.1985-0.10260.310.1464-0.46020.06810.0609-0.0321-0.03510.1234-0.03950.071-44.118156.100218.7587
63.52880.64870.80391.77930.43331.45870.0355-0.1938-0.39950.20580.03610.0670.3345-0.0897-0.07160.1172-0.01380.02110.04210.01620.0836-31.701845.467241.0382
71.9801-0.2004-1.31361.37880.7532.7052-0.0397-0.0443-0.23070.19770.00750.04370.2447-0.03920.03220.0501-0.0086-0.00580.00570.0120.0387-2.615957.364463.4284
82.21640.20711.18561.72290.70342.8436-0.09450.20550.3001-0.30140.0873-0.0293-0.25080.01260.00720.1074-0.00670.01370.04580.04060.05541.831515.848358.2169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|186-371 }A186 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|186-371 }B186 - 371
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|186-371 }C186 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|186-371 }D186 - 371
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|186-371 }E186 - 371
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|186-371 }F186 - 371
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|186-371 }G186 - 371
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|186-371 }H186 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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