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Yorodumi- PDB-8oet: SFX structure of the class II photolyase complexed with a thymine... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oet | |||||||||
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Title | SFX structure of the class II photolyase complexed with a thymine dimer | |||||||||
Components |
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Keywords | LYASE / DNA binding protein / DNA repair enzyme / flavoprotein / photoenzyme | |||||||||
Function / homology | Function and homology information photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Methanosarcina mazei Go1 (archaea) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11 Å | |||||||||
Authors | Lane, T.J. / Christou, N.-E. / Melo, D.V.M. / Apostolopoulou, V. / Pateras, A. / Mashhour, A.R. / Galchenkova, M. / Gunther, S. / Reinke, P. / Kremling, V. ...Lane, T.J. / Christou, N.-E. / Melo, D.V.M. / Apostolopoulou, V. / Pateras, A. / Mashhour, A.R. / Galchenkova, M. / Gunther, S. / Reinke, P. / Kremling, V. / Oberthuer, D. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Scheer, T.E.S. / Lange, E. / Yefanov, O.N. / Middendorf, P. / Sellberg, J.A. / Schubert, R. / Fadini, A. / Cirelli, C. / Beale, E.V. / Johnson, P. / Dworkowski, F. / Ozerov, D. / Bertrand, Q. / Wranik, M. / Zitter, E.D. / Turk, D. / Bajt, S. / Chapman, H. / Bacellar, C. | |||||||||
Funding support | Germany, Switzerland, 2items
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Citation | Journal: Science / Year: 2023 Title: Time-resolved crystallography captures light-driven DNA repair. Authors: Christou, N.E. / Apostolopoulou, V. / Melo, D.V.M. / Ruppert, M. / Fadini, A. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Oberthuer, D. / Gunther, S. / Pateras, A. / Rahmani Mashhour, A. / Yefanov, O.M. / ...Authors: Christou, N.E. / Apostolopoulou, V. / Melo, D.V.M. / Ruppert, M. / Fadini, A. / Henkel, A. / Sprenger, J. / Oberthuer, D. / Gunther, S. / Pateras, A. / Rahmani Mashhour, A. / Yefanov, O.M. / Galchenkova, M. / Reinke, P.Y.A. / Kremling, V. / Scheer, T.E.S. / Lange, E.R. / Middendorf, P. / Schubert, R. / De Zitter, E. / Lumbao-Conradson, K. / Herrmann, J. / Rahighi, S. / Kunavar, A. / Beale, E.V. / Beale, J.H. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Ozerov, D. / Bertrand, Q. / Wranik, M. / Bacellar, C. / Bajt, S. / Wakatsuki, S. / Sellberg, J.A. / Huse, N. / Turk, D. / Chapman, H.N. / Lane, T.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oet.cif.gz | 536.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oet.ent.gz | 362.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8oet.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oet | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8oy3C 8oy4C 8oy5C 8oy6C 8oy7C 8oy8C 8oy9C 8oyaC 8oybC 8oycC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.16907/87a9f7a4-073e-430c-aa7f-6a194897074f Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 57039.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanosarcina mazei Go1 (archaea) / Gene: MM_0852 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q8PYK9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules CEDF
#2: DNA chain | Mass: 4256.768 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4305.805 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 291 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||
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#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: batch mode / pH: 4.6 Details: 100 mM Amm sulfate, 100 mM Acetate pH 4.6, 4% PEG 4000, 10 mM Tris pH 7.5, 75 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SwissFEL ARAMIS / Beamline: ESA / Wavelength: 1.035 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI JUNGFRAU 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2022 / Frequency: 100 / Details: KB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.035 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→32.46 Å / Num. obs: 96204 / % possible obs: 99.998961 % / Redundancy: 6068.312898 % / Biso Wilson estimate: 35.72 Å2 / CC1/2: 0.9985686 / CC star: 0.9996418 / R split: 0.0389 / Net I/σ(I): 22.919011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | % possible all: 100
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Serial crystallography sample delivery | Description: Viscous Injector / Method: injection | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: cellulose / Description: Viscous Injector |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11→32.46 Å / SU ML: 0.1784 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.6353 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→32.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 3 - 14 / Label seq-ID: 1
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