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- PDB-8odx: Interleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8odx
タイトルInterleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with antagonistic FAb4 fragment and VHH.
要素
  • FAb4 Heavy chain
  • FAb4 Light chain
  • Interleukin-12 receptor subunit beta-1
  • anti Kappa Light chain VHH
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / receptor (受容体) / fibronectin (フィブロネクチン) / antagonist (受容体拮抗薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity ...interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of defense response to virus by host / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / receptor complex / external side of plasma membrane / シグナル伝達 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
H: FAb4 Heavy chain
K: anti Kappa Light chain VHH
L: FAb4 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9234
ポリマ－110,9234
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, Complex same as observed in other crystal structures
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area37880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)231.402, 231.402, 231.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Space group name HallP4bd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / / IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12RB1 / IL-12 receptor ...IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12RB1 / IL-12 receptor beta component


分子量: 40884.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-29] encode signaling peptide which is most likely removed co-translationaly. Residues [393-340] are cloning scar Residues [341-344] encode the caspase3 cleavage site. Residues ...詳細: Residues [1-29] encode signaling peptide which is most likely removed co-translationaly. Residues [393-340] are cloning scar Residues [341-344] encode the caspase3 cleavage site. Residues [345-C] encode the AVI-His purification tag, no longer present as protein was treated with Caspase
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12RB1, IL12R, IL12RB / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42701
#2: 抗体 FAb4 Heavy chain


分子量: 26775.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-19] encode the signal peptide. Residues [244-C] the purification tag
由来: (組換発現) Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
プラスミド: pHLsec / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 anti Kappa Light chain VHH


分子量: 18058.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-24] encode pelB secretion signal. Residues [25-45] encode the purification tag and caspase cleavage site. Protein was digested with caspase.
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express lysY/Iq
#4: 抗体 FAb4 Light chain


分子量: 25204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-19] encode signal peptide, most likely cleaved of co-translationaly.
由来: (組換発現) Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.57 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.34
詳細: 11.82% Tacsimate,10% Ethylene glycol,10 % PEG smear broad

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→231.4 Å / Num. obs: 13975 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 70 % / Biso Wilson estimate: 246.09 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 18.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all
4.4-4.6771.361.3621930.5683.941
4.67-4.9972.392.6920740.8322.376
4.99-5.3972.44.519440.9271.5
5.39-5.9171.216.417900.9591.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.4→81.81 Å / SU ML: 0.8081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.6637
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 1396 10 %
Rwork0.2796 12568 -
obs0.2827 13964 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 270.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→81.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6382 0 0 0 6382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00456537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82378898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2482327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4-4.560.45731360.44861227X-RAY DIFFRACTION100
4.56-4.740.45471350.38681216X-RAY DIFFRACTION99.93
4.74-4.960.34981380.34641238X-RAY DIFFRACTION100
4.96-5.220.3531360.33271222X-RAY DIFFRACTION100
5.22-5.550.33531370.34771235X-RAY DIFFRACTION100
5.55-5.970.42151370.36081235X-RAY DIFFRACTION100
5.98-6.580.33811400.30991261X-RAY DIFFRACTION100
6.58-7.530.37041400.31061265X-RAY DIFFRACTION100
7.53-9.480.25621430.23191279X-RAY DIFFRACTION100
9.49-81.810.26621540.23341390X-RAY DIFFRACTION99.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.04796212974-0.717230804533-0.09657762978599.268968674021.688096028785.61551669542-0.510001956543-1.20541612209-0.8575287248792.826971627660.575367911626-1.099047963371.296474206331.48028686770.8607169183031.825855778120.260765617798-0.1204142563182.04951571808-0.1623053133891.85962029202-50.979540055340.979555832631.899532159
22.09291750127-3.33128536423-1.103059374071.769227737637.072518283447.21881546961-0.785630036273-0.621061946927-0.6425098259571.597545973430.1047364950650.6202082350341.88019724410.31795280989-1.66976426019E-72.562833877210.5193270728780.389903089012.546643310080.2086861322532.80791355913-73.895781748150.279003086828.6152283028
30.5014772529050.6039965184792.223760546585.0431684253.07414154285.33647436651-1.083681636520.2351628053580.05422696251920.815689580224-0.4565869303690.324487317953-0.540334289357-0.6155957855058.95915040314E-83.54282232270.758080635216-0.1579221640212.83149492143-0.02558356705372.57331623008-88.651703109167.863475972153.1104027121
45.6241072986-3.574602046832.1665820976213.35520102072.775093431093.79542164526-0.1053224984950.189865887641-0.0912080663207-1.897675716420.090829697903-0.7025426462330.6215924993410.329519573734-1.77766274744E-53.07266182764-1.246868675260.4591636606773.2496065893-0.2947982397231.72524991937-46.728664609712.0951748691-21.8749487273
53.16910854536-2.19992464804-0.8881727363555.344421926-1.200193061822.65631126923-0.3462223621930.9448310158230.951082724230.5110238797720.31487268255-0.142098688111-0.151410630323-0.612248515628-1.41945308947E-82.6514459022-0.0560294830533-0.1510967144432.90257628171-0.2823613735173.14241288814-39.24009976454.34253362938.59680938476
62.88557998996-0.455796060812-2.12964068835.247410068530.7900333697343.463108738050.1365409238150.2404657584761.78511333824-0.741389910709-1.138921676270.384033440273-0.247024806575-1.700814356975.74625134554E-82.16264591293-0.198789482171-0.04973343877073.103937995920.2734805730762.97883078186-33.556122647750.0811978421-27.0393227817
77.07624561691-2.62945819722-3.407463684424.03908347643-4.076223731162.21350888325-0.601697611037-1.070115925870.7695884146650.976219664220.575709792277-0.5158460573210.376980993124-1.787862082611.226595932281.58812248467-0.2336521854780.1241544122652.49332741722-0.1810101003521.85194062061-49.991517095535.40525955853.43746794795
8-1.517678938973.53407249629-0.6402591555420.375987541508-5.740587944552.70771604563-1.000870973850.5853529518990.107585717951-1.94280938880.128864312031-0.6499811503330.939599292045-0.631858521329-5.68422452313E-82.97750117576-0.4099600020890.6564251705613.061162698410.02790531990313.01244376994-29.193203880134.6608491841-25.3205326941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|239-342 }A1 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|343-442 }A86 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|443-539 }A186 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4{ K|1-120 }C1 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5{ H|2-122 }B1 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6{ H|123-221 }B122 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7{ L|1-106 }D1 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8{ L|107-212 }D107 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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