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万見
- PDB-8j86: Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j86
タイトルMonkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in a DNA binding form
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*)-3')
  • DNA polymerase processivity factor component A20
  • DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
  • E4R
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Monkeypox virus (エムポックスウイルス) / DNA replication holoenzyme (DNA複製) / DNA replication machinery / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae (ポックスウイルス科) / DNA processivity factor / DNA (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA recombination / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / DNA polymerase family B signature. ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase / DNAポリメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
DNA molecule (デオキシリボ核酸)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Xu, Y. / Wu, Y. / Wu, X. / Zhang, Y. / Yang, Y. / Li, D. / Yang, B. / Gao, K. / Zhang, Z. / Dong, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32250710142 中国
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of human mpox viral DNA replication inhibition by brincidofovir and cidofovir.
著者: Yunxia Xu / Yaqi Wu / Xiaoying Wu / Yuanyuan Zhang / Yaxue Yang / Danyang Li / Biao Yang / Kaiting Gao / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong /
要旨: Mpox virus has wildly spread over 108 non-endemic regions in the world since May 2022. DNA replication of mpox is performed by DNA polymerase machinery F8-A22-E4, which is known as a great drug ...Mpox virus has wildly spread over 108 non-endemic regions in the world since May 2022. DNA replication of mpox is performed by DNA polymerase machinery F8-A22-E4, which is known as a great drug target. Brincidofovir and cidofovir are reported to have broad-spectrum antiviral activity against poxviruses, including mpox virus in animal models. However, the molecular mechanism is not understood. Here we report cryogenic electron microscopy structures of mpox viral F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex, or dCTP and the DNA duplex, or cidofovir diphosphate and the DNA duplex at resolution of 3.22, 2.98 and 2.79 Å, respectively. Our structural work and DNA replication inhibition assays reveal that cidofovir diphosphate is located at the dCTP binding position with a different conformation to compete with dCTP to incorporate into the DNA and inhibit DNA synthesis. Conformation of both F8-A22-E4 and DNA is changed from the pre-dNTP binding state to DNA synthesizing state after dCTP or cidofovir diphosphate is bound, suggesting a coupling mechanism. This work provides the structural basis of DNA synthesis inhibition by brincidofovir and cidofovir, providing a rational strategy for new therapeutical development for mpox virus and other pox viruses.
履歴
登録2023年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: E4R
C: DNA polymerase processivity factor component A20
P: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
T: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,2938
ポリマ－216,1735
非ポリマー1203
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase / DNAポリメラーゼ / Mpox DNA polymerase F8


分子量: 120041.156 Da / 分子数: 1 / 変異: L108F, W411L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: F8L
発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
参照: UniProt: Q5IXW8
#2: タンパク質 E4R


分子量: 27883.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: E4R
発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase
#3: タンパク質 DNA polymerase processivity factor component A20


分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: A22R
発現宿主: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
参照: UniProt: Q5IXP2

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 7438.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (デオキシリボ核酸)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*)-3')


分子量: 11605.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (デオキシリボ核酸)

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非ポリマー , 1種, 3分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA duplex only
タイプ: COMPLEX / 詳細: F8-A22-E4 complex with DNA duplex only / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 191 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
緩衝液pH: 8
詳細: 25 mM MOPS, pH 7.0, 200 mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, 1 mM TCEP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This is a complex of F8-A22-E4 and DNA duplex only
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU9.03画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7CCP4 package9.03モデルフィッティング
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
画像処理詳細: The selected movies are corrected with motion correct
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択詳細: 15,300,849
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 960549 / クラス平均像の数: 6 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00214539
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57319800
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.8582171
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0592193
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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