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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36068 | |||||||||
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タイトル | Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 in complex with a DNA duplex and dCTP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Monkeypox virus (エムポックスウイルス) / DNA replication holoenzyme (DNA複製) / DNA replication machinery / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae (ポックスウイルス科) / DNA processivity factor / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA recombination / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) / DNA molecule (デオキシリボ核酸) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu Y / Wu Y / Wu X / Zhang Y / Yang Y / Li D / Yang B / Gao K / Zhang Z / Dong C ...Xu Y / Wu Y / Wu X / Zhang Y / Yang Y / Li D / Yang B / Gao K / Zhang Z / Dong C / Tang X / Dong H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of human monkeypox viral DNA replication inhibition by brincidofovir and cidofovir 著者: Xu YX / Wu YQ / Wu XY / Zhang YY / Yang YX / Li DY / Yang B / Gao K / Zhang ZY / Dong CJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36068.map.gz | 230.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36068-v30.xml emd-36068.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36068.png | 63.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36068.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_36068_half_map_1.map.gz emd_36068_half_map_2.map.gz | 226.8 MB 226.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36068 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j8fMC 8j8gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36068_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36068_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 in complex with ...
全体 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP |
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要素 |
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-超分子 #1: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 in complex with ...
超分子 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / 詳細: F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 191 kDa/nm |
-分子 #1: DNA polymerase
分子 | 名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 120.041156 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGMDVRCIN WFESHGENRF LYLKSRCRNG ETVFIRFPHY FYYVVTDEIY QSLSPPPFNA RPMGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FFNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN N GCYHCDDP ...文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGMDVRCIN WFESHGENRF LYLKSRCRNG ETVFIRFPHY FYYVVTDEIY QSLSPPPFNA RPMGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FFNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN N GCYHCDDP RNCFAKEIPR FDIPRSYLFL DIECHFDKKF PSVFINPISH TSYCYIDLSG KRLLFTLINE EMLTEQEIQE AV DRGCLRI QSLMEMDYER ELVLCSEIVL LRIAKQLLEL TFDYVVTFNG HNFDLRYITN RLELLTGEKI IFRSPDKKEA VHL CIYERN QSSHKGVCGM ANTTFHVNNN NGTIFFDLYS FIQKSEKLDS YKLDSISKNA FSCMGKVLNR GVREMTFIGD DTTD AKGKA DTFAKVLTTG NYVTVDEDII CKVIRKDILE NGFKVVLSCP TLPNDIYKLS FGKDDIDLAQ MYKDYNLNIA LDMAR YCIH DACLCQYLWE YYGVETKTDA GAATYVLPQS MVFEYRASTI IKGPLLKLLL ETKTILVRSE TKQKFPYEGG KVFAPK QKM FSNNVLIFDY NSLYPNVCIF GNLSPETLVG VVVSTNRLEE EINNQLLLQK YPPPRYITVH CEPRLPNLIS EIAIFDR SI EGTIPRLLRT FLAERARYKK MLKQATSSTE KAIYDSMQYT YKIVANSVYG LMGFRNSALY SYASAKSCTS IGRRMILY L ESVLNGAELS NGMLRFANTL SNPFYMDDRD INPIVKTSLP IDYRFRFRSV YGDTDSVFTE IDSQDVDKSI EIAKELERL INSRVLFNNF KIEFEAVYKN LIMQSKKKYT TMKYSASSNS KSVPERINKG TSETRRDVSK FHKNMIKTYK TRLSEMLSEG RMNSNQVCI DILRSLETDL RSEFDSRSSP LELFMLSRMH HSNYKSADNP NMYLVTEYNK NNPETIELGE RYYFAYICPA N VPWTKKLV NIKTYETIID RSFKLGSNQR IFYEVYFKRL TSEIVNLLDN KVLCISFFQR MFGSRPTFYE A UniProtKB: DNAポリメラーゼ |
-分子 #2: E4R
分子 | 名称: E4R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.883709 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) |
配列 | 文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GASMNSVTIS HAPYTITYHD DWEPVMSQLV EFYNEVASWL LRDETSPIPD KFFIQLKQPL RNKRVCVCG IDPYPKDGTG VPFESPNFTK KSIKEIASSI SRLTGVIDYK GYNLNIIDGV IPWNYYLSCK LGETKSHAIY W DKISKLLL ...文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GASMNSVTIS HAPYTITYHD DWEPVMSQLV EFYNEVASWL LRDETSPIPD KFFIQLKQPL RNKRVCVCG IDPYPKDGTG VPFESPNFTK KSIKEIASSI SRLTGVIDYK GYNLNIIDGV IPWNYYLSCK LGETKSHAIY W DKISKLLL QHITKHVSVL YCLGKTDFSN IRAKLESPVT TIVGYHPAAR DHQFEKDRSF EIINVLLELD NKTPINWAQG FI Y UniProtKB: Uracil-DNA glycosylase |
-分子 #3: DNA polymerase processivity factor component A20
分子 | 名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 49.203926 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) |
配列 | 文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E UniProtKB: DNA polymerase processivity factor |
-分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP...
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸) |
分子量 | 理論値: 7.438825 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DA)(DT) |
-分子 #5: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP...
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3') タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: DNA molecule (デオキシリボ核酸) |
分子量 | 理論値: 11.60548 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) |
-分子 #6: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DCP |
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分子量 | 理論値: 467.157 Da |
Chemical component information | ChemComp-DCP: |
-分子 #7: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: 25 mM MOPS, pH 7.0, 200 mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, 1 mM TCEP |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | F8-A22-E4 in complex with a DNA duplex and dCTP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 詳細: 15,938,666 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: F8-A22_E4 in complex with a DNA duplex |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1057305 |
詳細 | The selected movies are corrected with motion correct |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8j8f: |