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Yorodumi- PDB-8id2: Crystal structure of the ubiquitin-like domain in the SF3A1 subun... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8id2 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the ubiquitin-like domain in the SF3A1 subunit of human U2 snRNP complexed with the stem-loop 4 of U1 snRNA | |||||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Splicing / UNCG tetraloop / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway ...mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Terawaki, S. / Nameki, N. / Kuwasako, K. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: J.Biochem. / Year: 2023 Title: Structural insights into recognition of SL4, the UUCG stem-loop, of human U1 snRNA by the ubiquitin-like domain, including the C-terminal tail in the SF3A1 subunit of U2 snRNP. Authors: Nameki, N. / Terawaki, S.I. / Takizawa, M. / Kitamura, M. / Muto, Y. / Kuwasako, K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8id2.cif.gz | 174.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8id2.ent.gz | 111.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8id2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8id2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8id2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 13061.018 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SF3A1, SAP114 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q15459 #2: RNA chain | Mass: 7629.524 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM MIB buffer (pH 5.0), 25% PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.07 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→40.39 Å / Num. obs: 32309 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 46.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 4.198 / Num. unique obs: 1809 / CC1/2: 0.458 / Rpim(I) all: 1.604 / Rrim(I) all: 4.362 / % possible all: 95.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→40.39 Å / SU ML: 0.302 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.5938 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→40.39 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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