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- PDB-8i0l: Structure of CDK9/cyclin T1 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i0l
タイトルStructure of CDK9/cyclin T1 in complex with inhibitor
要素
  • Cyclin-T1
  • Cyclin-dependent kinase 9サイクリン依存性キナーゼ9
キーワードCELL INVASION/INHIBITOR / CDK9 (サイクリン依存性キナーゼ9) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / CELL INVASION / CELL INVASION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / nucleus localization / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation by host of viral transcription ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / nucleus localization / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation by host of viral transcription / RNA polymerase binding / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / negative regulation of protein localization to chromatin / [RNA-polymerase]-subunit kinase / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / replication fork processing / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to cytokine stimulus / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / サイクリン依存性キナーゼ / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA repair / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription elongation factor complex / molecular condensate scaffold activity / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PML body / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein kinase activity / response to xenobiotic stimulus / 細胞周期 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA修復 / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Haspin like kinase domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Haspin like kinase domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NJ6 / Cyclin-T1 / サイクリン依存性キナーゼ9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Jiang, C. / Ye, Y. / Huang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CDK9/cyclin T1 in complex with inhibitor
著者: Jiang, C. / Ye, Y. / Huang, Y.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6323
ポリマ－68,2622
非ポリマー3701
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.150, 172.150, 97.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 9 / サイクリン依存性キナーゼ9 / C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / ...C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE / Tat-associated kinase complex catalytic subunit


分子量: 38199.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9, CDC2L4, TAK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50750, サイクリン依存性キナーゼ, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-T1 / CycT1 / Cyclin-T


分子量: 30062.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60563
#3: 化合物 ChemComp-NJ6 / 2-[(4-azanylcyclohexyl)amino]-7-cyclopentyl-~{N},~{N}-dimethyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide


分子量: 370.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M sodium potassium phosphate, pH6.6; 10% PEG1000; 0.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→22.14 Å / Num. obs: 12388 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.65 Å2 / CC1/2: 0.523 / CC star: 0.828 / Rmerge(I) obs: 0.4944 / Rpim(I) all: 0.2668 / Rrim(I) all: 0.5649 / Net I/σ(I): 3.34
反射 シェル解像度: 3.6→3.728 Å / Rmerge(I) obs: 0.6958 / Num. unique obs: 1251 / CC1/2: 0.065 / Rpim(I) all: 0.3864 / Rrim(I) all: 0.801 / % possible all: 99.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19-4092-000精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→22.14 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 599 4.85 %
Rwork0.2333 --
obs0.2346 12359 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→22.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4550 0 27 0 4577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4746353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.052636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.960.34121390.29982952X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.530.29261320.25672938X-RAY DIFFRACTION99
4.53-5.690.21181720.21042926X-RAY DIFFRACTION100
5.69-22.140.20681560.17352944X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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