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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hmt | ||||||
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タイトル | The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 | ||||||
要素 | Activated CDC42 kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / ack1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 接着結合 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / エンドサイトーシス / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / エンドソーム / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, S. / Xiaoyun, X.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 著者: Zhu, S. / Xiaoyun, X.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hmt.cif.gz | 224.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hmt.ent.gz | 180.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hmt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hmt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31225.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-LWX / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Bis-Tris ph 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97914 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.17→110.68 Å / Num. obs: 23600 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 3.17→10.03 Å / Num. unique obs: 3695 / Rpim(I) all: 0.443 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→51.71 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.17→51.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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