[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8h5m: Crystal structure of PETase S121E/D186H/N233C/S242T/N246D/S282C m... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8h5m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of PETase S121E/D186H/N233C/S242T/N246D/S282C mutant from Ideonella sakaiensis | ||||||
![]() | Poly(ethylene terephthalate) hydrolase | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() poly(ethylene terephthalate) hydrolase / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: A case of balance engineering exhibits kinetic relationship between mesophilic and thermophilic poly(ethylene terephthalate) depolymerases. Authors: Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 70.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 47.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8h5jC ![]() 8h5kC ![]() 8h5lC ![]() 8h5oC ![]() 5xjhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 31576.123 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.38 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 % (W/V) PEG 8K 0.1 M MES/sodium hydroxide pH 8.0, 0.2 M Calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: May 12, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.89→50 Å / Num. obs: 21162 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 2.416 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 91143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5XJH Resolution: 1.89→28.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.594 / SU ML: 0.076 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.121 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 55.31 Å2 / Biso mean: 14.068 Å2 / Biso min: 6.26 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.89→28.23 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.89→1.937 Å / Rfactor Rfree error: 0
|