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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gxn | ||||||
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タイトル | The crystal structure of CsFAOMT2 in complex with SAH | ||||||
要素 | caffeyl-CoA-O-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CsFAOMT2 / SAH / O-methyltransferases | ||||||
機能・相同性 | S-アデノシル-L-ホモシステイン 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Theaceae (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z.M. / Zhou, Y.E. / Huang, H.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Characterization of two O-methyltransferases involved in the biosynthesis of O-methylated catechins in tea plant. 著者: Jin, J.Q. / Qu, F.R. / Huang, H. / Liu, Q.S. / Wei, M.Y. / Zhou, Y. / Huang, K.L. / Cui, Z. / Chen, J.D. / Dai, W.D. / Zhu, L. / Yao, M.Z. / Zhang, Z.M. / Chen, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gxn.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gxn.ent.gz | 81.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gxn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8gxoC 3c3yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26628.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Theaceae (植物) / 発現宿主: Escherichia alba (バクテリア) |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 100 mM Sodium Citrate pH5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.97869 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→64.74 Å / Num. obs: 61963 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 15.89 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 33.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.35 Å / Num. unique obs: 7996 / CC1/2: 0.898 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C3Y 解像度: 1.34→30.06 Å / SU ML: 0.1326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.5851 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→30.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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