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- PDB-8gv5: Crystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gv5
タイトルCrystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglutinin A/swine/Guangdong/104/2013 (H1N1)
要素
  • Hemagglutinin HA1 chain
  • Hemagglutinin HA2 chain
  • PN-SIA28 Heavy chain
  • PN-SIA28 Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / influenza (インフルエンザ) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / antibody (抗体) / broadly neutralizing / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for a human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-specific antibody including H17/18 subtypes.
著者: Chen, Y. / Wang, F. / Yin, L. / Jiang, H. / Lu, X. / Bi, Y. / Zhang, W. / Shi, Y. / Burioni, R. / Tong, Z. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: PN-SIA28 Heavy chain
D: PN-SIA28 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3235
ポリマ－82,1024
非ポリマー2211
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.797, 85.797, 231.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 37049.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/swine/Guangdong/104/2013(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A0D3LZV1
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 19936.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/swine/Guangdong/104/2013(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A0D3LZV1
#3: 抗体 PN-SIA28 Heavy chain


分子量: 13588.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 PN-SIA28 Light Chain


分子量: 11527.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium acetate, 8% w/v PEG 8000 (pH 4.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 15923 / % possible obs: 73.2 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 54.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 2.4 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJS

5gjs


解像度: 3.2→45.63 Å / SU ML: 0.4456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.0492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3082 653 5.61 %
Rwork0.2673 10980 -
obs0.2697 11633 73.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 14 0 5504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00535636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96577650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.39682003
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.440.4262300.3548689X-RAY DIFFRACTION22.77
3.45-3.790.3412820.31751411X-RAY DIFFRACTION47.16
3.79-4.340.32351580.28242866X-RAY DIFFRACTION95.64
4.34-5.460.27791840.24472992X-RAY DIFFRACTION100
5.47-45.630.30581990.25133022X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.058912586570.142522925335-0.04574708988880.4938648225110.1370657757472.86931689462-0.01925963627790.507048981199-0.0716626207197-0.4482330707420.1277966842040.356195818452-0.327291125958-1.22142712478-0.1181164977680.338438276899-0.0874453041407-0.2511084165320.7006205851740.1068700413480.34973437065222.84056452-28.5895560343-57.6806070019
21.95333718495-0.0466528209275-0.6848962154891.5804416234-0.1173223070451.99216032389-0.0753664471921-0.723485773963-0.1273902167940.5952528062110.05690330606530.450258722473-0.0969670409049-0.1705517827160.01731988504620.137483168193-0.08194868305730.1346653732580.4360891058280.1739022624940.17901039637330.5252889176-28.1940873589-8.63422170118
34.30094170884-1.201489920010.02138461626450.505096202227-0.1280666452171.11188849159-0.0531533792803-0.96864779488-0.867139951140.3109586347140.19674842081.788685160330.155426287577-0.649581397898-0.1416660690690.7429727552830.0448619442550.2444042360631.012747693130.3382669736861.71961554869-0.388761944004-25.4062239837-3.66414063786
42.30293596692-0.860860282341-0.2932265362912.3179387553-0.4759746259942.097422542880.4157099591750.6320372267780.397025663814-0.689986261906-0.01936045198170.587043681427-0.911552736015-0.737970967297-0.3935952058410.8644747726540.1751449531140.1044744273050.8620940551420.2610723410941.159844265418.63934997799-14.57061081-20.5969524254
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA1 - 3231 - 321
22chain BBB331 - 4871 - 157
33chain CCC31 - 1541 - 124
44chain DDD43 - 1491 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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