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Yorodumi- PDB-8gv6: Crystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglut... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gv6 | ||||||
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Title | Crystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglutinin H14 (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010) | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Influenza / hemagglutinin / antibody / broadly neutralizing / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Chen, Y. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Structural basis for a human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-specific antibody including H17/18 subtypes. Authors: Chen, Y. / Wang, F. / Yin, L. / Jiang, H. / Lu, X. / Bi, Y. / Zhang, W. / Shi, Y. / Burioni, R. / Tong, Z. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gv6.cif.gz | 851.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gv6.ent.gz | 630.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gv6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gv6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7wvdC 7wvgC 7wviC 8gv4C 8gv5C 8gv7C 5gjsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Hemagglutinin H14- ... , 2 types, 6 molecules ACEBDF
#1: Protein | Mass: 35512.953 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010(H14N6)) Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: G5DSS3 #2: Protein | Mass: 20949.082 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010(H14N6)) Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: G5DSS3 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules GIHJ
#3: Antibody | Mass: 13588.259 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #4: Antibody | Mass: 11527.934 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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-Sugars , 2 types, 5 molecules
#5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M Tris, 5% w/v PGA-LM, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→50 Å / Num. obs: 36855 / % possible obs: 87 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 61.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 5.58 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3591 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GJS Resolution: 3.4→49.72 Å / SU ML: 0.4499 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.886 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→49.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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