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万見
- PDB-8gh7: 142D6 bound to BIR3-XIAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gh7
タイトル142D6 bound to BIR3-XIAP
要素
  • BIR3 inhibitor MAA-CHG-PRO-ZHW
  • E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / BIR Domain / protein-ligand complex / BIR3 inhibitor / zinc finger motif / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein serine/threonine kinase binding / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / Regulation of PTEN localization / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Regulation of necroptotic cell death / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-7PE / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Garza-Granados, A. / McGuire, J. / Baggio, C. / Pellecchia, M. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA168517A1 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Characterization of a Potent and Orally Bioavailable Lys-Covalent Inhibitor of Apoptosis Protein (IAP) Antagonist.
著者: Udompholkul, P. / Garza-Granados, A. / Alboreggia, G. / Baggio, C. / McGuire, J. / Pegan, S.D. / Pellecchia, M.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年7月12日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_molecule_features / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: BIR3 inhibitor MAA-CHG-PRO-ZHW
H: BIR3 inhibitor MAA-CHG-PRO-ZHW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5968
ポリマ－23,8454
非ポリマー7524
水1,62190
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: BIR3 inhibitor MAA-CHG-PRO-ZHW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2984
ポリマ－11,9222
非ポリマー3762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
H: BIR3 inhibitor MAA-CHG-PRO-ZHW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2984
ポリマ－11,9222
非ポリマー3762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.171, 55.150, 93.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / IAP-3 / hIAP-3 / hIAP3 / RING-type E3 ubiquitin transferase XIAP / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 11369.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98170, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド BIR3 inhibitor MAA-CHG-PRO-ZHW


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 552.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Lys-covalent pan-IAP inhibitor / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002528
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 310.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 35% isopropanol and 18% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18803 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.972 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 1695 / CC1/2: 0.846 / CC star: 0.957 / Rrim(I) all: 0.763 / Χ2: 0.508 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→35.56 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 899 4.92 %
Rwork0.1775 --
obs0.1791 18275 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1582 0 34 90 1706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6442257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.616249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005282
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 146 -
Rwork0.2259 2830 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5836-0.2490.77462.0611-0.17542.986-0.14780.0024-0.1373-0.0457-0.0015-0.23890.13180.0958-0.02350.2073-0.0098-0.01640.1827-0.00370.225737.427615.737659.0338
21.4151-0.1603-0.16481.64150.32321.5582-0.04890.1008-0.0397-0.31760.04420.1332-0.0743-0.17080.00420.2255-0.0344-0.03450.219-0.00070.204829.90221.465956.251
32.3986-0.5073-0.46093.8218-0.65582.04740.1594-0.01080.10530.03660.00730.1665-0.2128-0.0374-0.0010.2429-0.0379-0.00720.19290.0130.219336.411233.601356.8265
44.21430.5856-1.09084.249-1.04084.2577-0.2246-0.7783-0.87720.1785-0.22420.3530.56650.20780.02370.3821-0.00990.06170.35450.08410.330514.539842.526372.3446
50.4102-0.06740.4380.2120.5952.9269-0.00620.0360.30740.01040.04760.3847-0.3262-0.5767-0.05110.27550.02940.00280.2805-0.01840.351610.893154.193863.4032
64.6435-0.2807-0.60132.2898-0.41752.83450.1644-0.07670.4635-0.16230.0729-0.0566-0.57190.2813-0.01550.4447-0.01850.00730.3560.12780.444219.180657.167251.9087
75.2537-0.24910.83327.03431.0965.92530.07850.6539-0.0865-0.4058-0.20471.2836-0.2918-1.1952-0.16060.25810.0438-0.07120.38740.00370.335911.827750.70154.5695
81.96171.1336-1.4392.6955-0.58871.7087-0.1741-0.0360.1813-0.10360.0624-0.0855-0.18570.1480.00890.1915-0.0358-0.02350.21160.01430.246521.166752.169161.0962
91.08150.0169-0.02040.9515-0.57962.4152-0.05710.1337-0.0026-0.26890.10330.07810.00730.15270.0220.2139-0.0471-0.02880.24150.02620.234521.542646.743656.25
102.4678-0.29060.82341.9308-0.74791.1404-0.0440.1796-0.1662-0.3142-0.1276-0.00940.09220.02020.00380.3089-0.0427-0.01750.202-0.00840.222219.980440.008857.1518
112.3783-0.26840.52853.88960.52791.93680.03910.1001-0.04330.0367-0.0499-0.1970.29660.1136-0.01070.2299-0.0573-0.05310.2232-0.00340.224914.231134.094656.7121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 253 through 291 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 292 through 327 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 328 through 345 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 254 through 259 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 260 through 272 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 273 through 280 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 281 through 286 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 287 through 300 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 301 through 315 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 316 through 327 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 328 through 345 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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