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Yorodumi- PDB-8gb4: EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with benzimidazole allosteric... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gb4 | |||||||||
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Title | EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with benzimidazole allosteric inhibitor | |||||||||
Components | Epidermal growth factor receptor | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / EGFR / kinase / allosteric / inhibitor / cancer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / regulation of nitric-oxide synthase activity / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / response to cobalamin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB4 / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / regulation of JNK cascade / : / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to cadmium ion / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / positive regulation of DNA repair / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neurogenesis / cellular response to dexamethasone stimulus / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / Signal transduction by L1 / epithelial cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of epithelial cell proliferation / astrocyte activation / liver regeneration / positive regulation of protein localization to plasma membrane / EGFR downregulation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / lung development / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / negative regulation of protein catabolic process / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / kinase binding / ruffle membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59 Å | |||||||||
Authors | Beyett, T.S. / Eck, M.J. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with benzimidazole allosteric inhibitor Authors: Beyett, T.S. / Eck, M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gb4.cif.gz | 497.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gb4.ent.gz | 410.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gb4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gb4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37724.598 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: kinase domain / Mutation: T790M, V948R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ANP / #4: Chemical | ChemComp-YW5 / Mass: 530.635 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C34H31FN4O / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 30% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59→104.11 Å / Num. obs: 39094 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 145559 |
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.64 Å / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.947 / Num. measured all: 6539 / Num. unique obs: 1847 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.568 / Rrim(I) all: 1.11 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59→104.11 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→104.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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