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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g2i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PRMT4 with Compound YD1290 | ||||||
要素 | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / PRMT4 / YD1290 / TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity ...: / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Heme signaling / lysine-acetylated histone binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / RMTs methylate histone arginines / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Song, X. / Dong, A. / Deng, Y. / Huang, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023 タイトル: A unique binding pocket induced by a noncanonical SAH mimic to develop potent and selective PRMT inhibitors. 著者: Deng, Y. / Song, X. / Iyamu, I.D. / Dong, A. / Min, J. / Huang, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g2i.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g2i.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/8g2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/8g2i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8g2fC 8g2gC 8g2hC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40946.520 Da / 分子数: 1 / 断片: methyltransferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-I0B / 分子量: 696.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38BrN11O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.1 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M BICINE pH 9.0, 2.0 M Magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 32051 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.4 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.692 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1557 / CC1/2: 0.851 / CC star: 0.955 / Χ2: 0.558 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→45.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.463 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.094 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.17→45.73 Å
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拘束条件 |
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