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- PDB-8g2h: Crystal Structure of PRMT4 with Compound YD1113 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g2h
タイトルCrystal Structure of PRMT4 with Compound YD1113
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / PRMT4 / YD1113 / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity ...: / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Heme signaling / lysine-acetylated histone binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / RMTs methylate histone arginines / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YVU / Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Song, X. / Dong, A. / Deng, Y. / Huang, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: A unique binding pocket induced by a noncanonical SAH mimic to develop potent and selective PRMT inhibitors.
著者: Deng, Y. / Song, X. / Iyamu, I.D. / Dong, A. / Min, J. / Huang, R.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,61310
ポリマ－40,9471
非ポリマー6679
水3,333185
1
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,22620
ポリマ－81,8932
非ポリマー1,33318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.215, 84.215, 130.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4


分子量: 40946.520 Da / 分子数: 1 / 断片: methyltransferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 194分子

#2: 化合物 ChemComp-YVU / 5'-S-[2-(benzylcarbamamido)ethyl]-5'-thioadenosine


分子量: 459.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.05 M HEPES sodium pH 7.5, 28% v/v Polyethylene glycol 400, 0.002 M Spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 87534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.135 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.945 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4297 / CC1/2: 0.75 / CC star: 0.926 / Χ2: 0.706 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→48.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.962 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17745 1683 1.9 %RANDOM
Rwork0.17134 ---
obs0.17147 85796 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.49→48.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 50 185 2887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.6313987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4481.5816079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59722.993147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68315471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7231512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3911.8821412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3911.8841412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0642.8191789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0632.8191790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.412.21510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4092.2011511
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.713.1942199
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.25523.3353241
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.91422.9993189
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.491→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 109 -
Rwork0.266 6109 -
obs--96.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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