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- PDB-8f8y: PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8y
タイトルPHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide
要素
  • Lysine-specific demethylase PHF2
  • Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / Methyl-lysine binding / aromatic cage / plant homeodomain / PHD / Jumonji domain / plant homeodomain finger 2 / PHF2 / histone H3 lysine 4 tri-methylation / H3K4me3 / PROTEIN BINDING (タンパク質) / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20 demethylase activity / Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylation / ゴルジ体 ...histone H4K20 demethylase activity / Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylation / ゴルジ体 / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / histone H3K9 demethylase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / liver development / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones / 動原体 / kinase activity / histone binding / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / iron ion binding / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / シグナル伝達 / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase PHF2 / Serine/threonine-protein kinase VRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A complete methyl-lysine binding aromatic cage constructed by two domains of PHF2.
著者: Horton, J.R. / Zhou, J. / Chen, Q. / Zhang, X. / Bedford, M.T. / Cheng, X.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase PHF2
B: Lysine-specific demethylase PHF2
E: Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide
F: Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,59930
ポリマ－106,2924
非ポリマー2,30726
水95553
1
A: Lysine-specific demethylase PHF2
E: Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,23714
ポリマ－53,1462
非ポリマー1,09112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase PHF2
F: Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,36116
ポリマ－53,1462
非ポリマー1,21614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.406, 84.065, 105.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase PHF2 / GRC5 / PHD finger protein 2


分子量: 51832.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF2, CENP-35, KIAA0662 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold Plus
参照: UniProt: O75151, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75151, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase VRK1 N-terminus peptide / Vaccinia-related kinase 1


分子量: 1313.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 79分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 % / 解説: Conglomerations of small needles
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→38.87 Å / Num. obs: 20652 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 54.17 Å2 / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.06→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.464 / Rpim(I) all: 0.624 / % possible all: 74.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUI1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.06→38.87 Å / SU ML: 0.4536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2576
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1031 5 %
Rwork0.1945 19573 -
obs0.1972 20604 85.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6728 0 112 53 6893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00126996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.37259538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03911039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.19472422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.220.37991260.30232385X-RAY DIFFRACTION73.53
3.22-3.420.34371370.2582573X-RAY DIFFRACTION79.78
3.42-3.680.32541540.22772950X-RAY DIFFRACTION91.24
3.68-4.050.25061570.18812983X-RAY DIFFRACTION91.84
4.05-4.640.18011560.15452973X-RAY DIFFRACTION90.96
4.64-5.840.24591480.16772811X-RAY DIFFRACTION86.34
5.84-38.870.20051530.17962898X-RAY DIFFRACTION86.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9835832187830.213598560364-0.04525031132021.565106315540.6428468054245.088804664360.01729448093680.03508594553320.114954662680.2080602473320.0891015064888-0.2037821719340.303040408870.46455696975-0.07878392416950.247203415690.09288223883660.04652406010330.2996892326270.005825960445410.46968119074631.82311.395-40.165
20.2366343596670.6365855680230.4710152109521.656175456490.3742156273455.193643037640.00882071977862-0.06258632418740.1245026146760.0683137445152-0.0437948965780.0623761028349-0.33787296901-0.09899885928020.02263287737410.2368229207920.0458030135898-0.01983041364760.235204458483-0.0175865632770.51005089071719.90413.631-51.193
33.251528813511.693221398960.1652553899710.8186878912530.7836040054992.37469262985-0.01477475151820.163855229557-0.1978719618650.0785234864999-0.0728443151799-0.02286533882360.09370743025580.02840032615310.09138072197010.392876036540.049446928794-0.01585436216820.2456940104690.005603242944480.40405359705820.271-0.527-58.443
46.569569761625.0069542557-3.957842262554.3996792681-3.916602250093.761504720190.0321034048901-0.0288720269895-0.1102756710950.2866138269160.08838733969280.149169489682-0.27357109816-0.493299929791-0.09241615077110.409956812461-0.0010228235311-0.05377582962260.321309371077-0.03828040387510.4565211267097.1044.602-65.158
58.84608484106-0.565969385325-3.700255723445.035831610371.706916382255.60789652914-0.07619187899050.828402103387-0.174699992012-0.549361429343-0.222306556049-0.00939671853203-0.430354501373-0.5326640284140.2949261863110.3634101760060.0551258583928-0.09708855707430.4885761659150.0500200744080.3794317783682.02414.437-78.05
67.85784169158-3.46196916402-5.056622006553.48753150781.429923221087.064995546210.610835692830.978139360441-0.485762296080.00363410159829-0.4257817720980.368683208370.257162159543-0.80491716457-0.1612080937540.348775577052-0.0441930607879-0.1118590376230.513015273807-0.05464595724250.57828198374250.43511.75-52.159
70.79552604487-0.138695365188-1.071725003140.1002963101880.2173594919824.87227780632-0.162221283242-0.0358154679522-0.250372840130.0136967767679-0.2788432751120.02076007778781.30255137586-0.5559492486460.4721402441120.664576957369-0.1577152057020.005686251779630.4125220437060.06081350880920.81569001130258.8692.737-37.722
82.48613146909-0.56390720653-0.1045771380662.855774899561.865673680457.39549385370.0386501127345-0.061442857331-0.1995315724090.1513252283780.08983094744620.0696544347531-0.111927039517-0.440550854219-0.1002734056670.222732059951-0.134114731056-0.07380177456010.2697571335180.0991637849860.38091297476159.60419.929-25.967
96.133478157121.16960671761.342461470797.252509388120.05793543755315.266328147390.330485155335-0.0674221790667-0.428979300379-0.288152314025-0.216045303536-0.7771297989920.5839300005160.172817612858-0.1275901895830.1977569383770.03130165219510.00119132382120.319824333464-0.01817573125440.43089055970267.3610.483-39.742
104.553681403311.280635827251.594516162241.388840340222.539435485315.60616540582-0.2728574984250.1960796099950.347374387343-0.2080245763150.02358740244670.292037698712-0.303653277205-0.09006381182020.2949940447160.2566016137920.00402258573985-0.02035512326460.2034354041770.08433026744630.49200735414468.34725.642-26.388
117.23949021169-4.080959123394.24692208875.4871378704-4.561782279133.79923248385-0.182645730649-0.0125293905403-0.5930928107850.1494883373590.135749774270.324933267726-0.134892294260.007043974859360.08342665991340.4102386120240.04530674121960.06849982515730.310823606899-0.003456506281240.25136487542168.0147.71-18.247
122.39997585565-1.23357399940.05571293966230.763321795650.6426876554792.8116218987-0.0986790180285-0.223697601937-0.06267413713720.1575008220420.02979254241260.2645436073490.309886687415-0.5003096669820.03688597395210.318024322814-0.03672388963540.04832773803620.3244729941790.07891166256470.41989857447261.37811.675-19.849
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147.507123266950.130101415204-2.576960358725.50079746451-1.143154610696.51932805781-0.280307064362-0.05786996544860.2674784139120.3168974362120.0619903882266-0.154047833786-0.491961744501-0.5846995885180.2061475695510.3414481062730.000465093936019-0.1393792705180.353991437042-0.04742822226250.31345663478579.06632.203-6.847
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178.562290417984.252237022260.6237533495892.656032604921.726001677993.80459951563-0.873574321384-0.554916044233-0.8931428551910.31018612674-0.228442336744-0.4001059193610.949847404004-0.0878931092841.108206302770.447208778219-0.04215175343920.14586748360.2677172141970.02873861171790.66339126850154.2437.174-46.382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:121 )A0 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 122:246 )A122 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 247:338 )A247 - 338
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 339:365 )A339 - 365
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 366:444 )A366 - 444
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 0:50 )B0 - 50
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 51:103 )B51 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 104:167 )B104 - 167
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 168:200 )B168 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 201:246 )B201 - 246
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 247:294 )B247 - 294
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 295:338 )B295 - 338
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 339:365 )B339 - 365
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 366:410 )B366 - 410
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 411:449 )B411 - 449
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 1:7 )E1 - 7
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND RESID 1:8 )F1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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