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- PDB-8f7c: Cryo-EM structure of human pannexin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f7c
タイトルCryo-EM structure of human pannexin 2
要素Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / ギャップ結合 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transmembrane transport / 電子伝達系 / response to ischemia / cell-cell signaling / electron transfer activity ...Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / ギャップ結合 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transmembrane transport / 電子伝達系 / response to ischemia / cell-cell signaling / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / heme binding / structural molecule activity / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Pannexin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å
データ登録者He, Z. / Yuan, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS109307 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of human pannexin 2 channel.
著者: Zhihui He / Yonghui Zhao / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Rajan Sah / Hongzhen Hu / Peng Yuan /
要旨: The pannexin 2 channel (PANX2) participates in multiple physiological processes including skin homeostasis, neuronal development, and ischemia-induced brain injury. However, the molecular basis of ...The pannexin 2 channel (PANX2) participates in multiple physiological processes including skin homeostasis, neuronal development, and ischemia-induced brain injury. However, the molecular basis of PANX2 channel function remains largely unknown. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of human PANX2, which reveals pore properties contrasting with those of the intensely studied paralog PANX1. The extracellular selectivity filter, defined by a ring of basic residues, more closely resembles that of the distantly related volume-regulated anion channel (VRAC) LRRC8A, rather than PANX1. Furthermore, we show that PANX2 displays a similar anion permeability sequence as VRAC, and that PANX2 channel activity is inhibited by a commonly used VRAC inhibitor, DCPIB. Thus, the shared channel properties between PANX2 and VRAC may complicate dissection of their cellular functions through pharmacological manipulation. Collectively, our structural and functional analysis provides a framework for development of PANX2-specific reagents that are needed for better understanding of channel physiology and pathophysiology.
履歴
登録2022年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
B: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
C: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
D: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
E: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
F: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
G: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,2347
ポリマ－385,2347
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion / / Cytochrome b-562


分子量: 55033.406 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: PANX2, cybC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q96RD6, UniProt: P0ABE7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human pannexin 2 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.38 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8
詳細: 20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 40uM GDN, 1mM Fluorinated Fos-Choline-8
試料濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
12RELION3分類
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 467552
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25191 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 78.73 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00216289
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50722148
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.7162191
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362604
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042758

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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