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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f4h | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RT XFEL structure of Photosystem II 1200 microseconds after the third illumination at 2.10 Angstrom resolution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / water oxidation / OEC / Manganese cluster | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. ...Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. / Kim, I.-S. / Makita, H. / Dasgupta, M. / Kaminsky, C.J. / Zhang, M. / Gatcke, J. / Haupt, S. / Nangca, I.I. / Keable, S.M. / Aydin, O. / Tono, K. / Owada, S. / Gee, L.B. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Alonso-Mori, R. / Holton, J.M. / Paley, D.W. / Moriarty, N.W. / Mamedov, F. / Adams, P.D. / Brewster, A.S. / Dobbek, H. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Zouni, A. / Messinger, J. / Kern, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, スウェーデン, 18件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural evidence for intermediates during O 2 formation in photosystem II. 著者: Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. / Kim, I.S. / Makita, H. / Dasgupta, M. / ...著者: Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. / Kim, I.S. / Makita, H. / Dasgupta, M. / Kaminsky, C.J. / Zhang, M. / Gatcke, J. / Haupt, S. / Nangca, I.I. / Keable, S.M. / Aydin, A.O. / Tono, K. / Owada, S. / Gee, L.B. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Alonso-Mori, R. / Holton, J.M. / Paley, D.W. / Moriarty, N.W. / Mamedov, F. / Adams, P.D. / Brewster, A.S. / Dobbek, H. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Zouni, A. / Messinger, J. / Kern, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f4h.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f4h.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/8f4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/8f4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ez5C 8f4cC 8f4dC 8f4eC 8f4fC 8f4gC 8f4iC 8f4jC 8f4kC 7rf1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1962727 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 #3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 #4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5028.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 29637.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 #15: タンパク質 | 分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4590.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 #33: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 16種, 1718分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-CL / #25: 化合物 | #26: 化合物 | ChemComp-CLA / #27: 化合物 | ChemComp-PHO / #28: 化合物 | ChemComp-BCR / #29: 化合物 | ChemComp-PL9 / #30: 化合物 | ChemComp-LMG / #31: 化合物 | ChemComp-LHG / #32: 化合物 | ChemComp-SQD / #34: 化合物 | ChemComp-STE / #35: 化合物 | #36: 化合物 | #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NH4Cl, 35% (w/v) PEG 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.302 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.302 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→29.48 Å / Num. obs: 471242 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 99 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 3.54 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 23117 / CC1/2: 0.07 |
Serial crystallography measurement | Collimation: Be lenses / Focal spot size: 7 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 1500 µJ / Pulse photon energy: 9500 keV / XFEL pulse repetition rate: 20 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Drop-on-tape / 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: aqueous buffer / 解説: Acoustic Droplet Ejection / Flow rate: 4 µL/min / Power by: acoustic wave |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7RF1 解像度: 2.1→29.48 Å / SU ML: 0.3632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2843 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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