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- PDB-8f4d: RT XFEL structure of Photosystem II 50 microseconds after the thi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f4d
タイトルRT XFEL structure of Photosystem II 50 microseconds after the third illumination at 2.15 Angstrom resolution
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...光化学系II) x 17
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / water oxidation / OEC / Manganese cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily ...Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER ...Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / CA-MN4-O6 CLUSTER / フェオフィチン / Chem-PL9 / Chem-SQD / ステアリン酸 / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Y / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. ...Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. / Kim, I.-S. / Makita, H. / Dasgupta, M. / Kaminsky, C.J. / Zhang, M. / Gatcke, J. / Haupt, S. / Nangca, I.I. / Keable, S.M. / Aydin, O. / Tono, K. / Owada, S. / Gee, L.B. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Alonso-Mori, R. / Holton, J.M. / Paley, D.W. / Moriarty, N.W. / Mamedov, F. / Adams, P.D. / Brewster, A.S. / Dobbek, H. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Zouni, A. / Messinger, J. / Kern, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
資金援助 米国, ドイツ, スウェーデン, 18件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM055302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110501 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126289 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124169 米国
German Research Foundation (DFG)UniCat ドイツ
German Research Foundation (DFG)Sfb1078 TP A5 ドイツ
Swedish Research Council2016-05183 スウェーデン
Swedish Research Council2020-03809 スウェーデン
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Swedish Energy Agency45421-1 スウェーデン
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM139687 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD023453 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124169-01 米国
Swedish Research Council2017-00356 スウェーデン
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural evidence for intermediates during O 2 formation in photosystem II.
著者: Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. / Kim, I.S. / Makita, H. / Dasgupta, M. / ...著者: Bhowmick, A. / Hussein, R. / Bogacz, I. / Simon, P.S. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Doyle, M.D. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Chernev, P. / Kim, I.S. / Makita, H. / Dasgupta, M. / Kaminsky, C.J. / Zhang, M. / Gatcke, J. / Haupt, S. / Nangca, I.I. / Keable, S.M. / Aydin, A.O. / Tono, K. / Owada, S. / Gee, L.B. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Alonso-Mori, R. / Holton, J.M. / Paley, D.W. / Moriarty, N.W. / Mamedov, F. / Adams, P.D. / Brewster, A.S. / Dobbek, H. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Zouni, A. / Messinger, J. / Kern, J. / Yano, J. / Yachandra, V.K.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
R: Photosystem II protein Y
a: Photosystem II protein D1 1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
r: Photosystem II protein Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)758,862228
ポリマ－631,65340
非ポリマー127,209188
水25,9061438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration, light scattering, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.103, 222.196, 308.415
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 1 / 光化学系II / PSII D1 protein 1 / Photosystem II Q(B) protein 1


分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / 光化学系II / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / 光化学系II / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / 光化学系II / PSII D2 protein / Photosystem II Q(A) protein


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / 光化学系II / PSII-H


分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / 光化学系II / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / 光化学系II / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / 光化学系II / PSII-K


分子量: 5028.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / 光化学系II / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / 光化学系II / PSII-M


分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / 光化学系II / MSP


分子量: 29637.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / 光化学系II / PSII-T / PSII-Tc


分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / 光化学系II / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12 / 光化学系II


分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein / 光化学系II


分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / 光化学系II / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y / 光化学系II


分子量: 4590.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 Vv

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c-549 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386
#31: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 16種, 1616分子

#21: 化合物 ChemComp-OEY / CA-MN4-O6 CLUSTER


分子量: 355.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#24: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#27: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 / プラストキノン


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#29: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#30: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#32: 化合物...
ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸 / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#33: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#34: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#35: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#36: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#37: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NH4Cl, 35% (w/v) PEG 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.302 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.302 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→33.74 Å / Num. obs: 431113 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 74 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.73
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 21309 / CC1/2: 0.05
Serial crystallography measurementCollimation: Be lenses / Focal spot size: 7 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 2500 µJ / Pulse photon energy: 9500 keV / XFEL pulse repetition rate: 20 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: Drop-on-tape / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: aqueous buffer / 解説: Acoustic Droplet Ejection / Flow rate: 4 µL/min / Power by: acoustic wave

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.xfel.mergeデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RF1

7rf1


解像度: 2.15→33.74 Å / SU ML: 0.3652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4888
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 3827 0.89 %
Rwork0.1883 427108 -
obs0.1888 430935 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41600 0 8566 1438 51604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009953281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.184273078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05337197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00818890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.893718742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.190.3641840.352420262X-RAY DIFFRACTION94.86
2.19-2.230.36311840.346120733X-RAY DIFFRACTION97.42
2.23-2.270.38841880.339321033X-RAY DIFFRACTION98.55
2.27-2.320.34181890.324321086X-RAY DIFFRACTION98.99
2.32-2.370.34471930.312921288X-RAY DIFFRACTION99.6
2.37-2.420.33061910.300121258X-RAY DIFFRACTION99.71
2.42-2.480.3461890.282221375X-RAY DIFFRACTION99.78
2.48-2.550.3181950.259321353X-RAY DIFFRACTION99.76
2.55-2.620.28091900.242221294X-RAY DIFFRACTION99.89
2.62-2.710.30111930.223921409X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.810.28811910.209121418X-RAY DIFFRACTION99.96
2.81-2.920.281910.204621425X-RAY DIFFRACTION99.97
2.92-3.050.28021930.200621413X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.210.26171920.18721491X-RAY DIFFRACTION99.99
3.21-3.410.24581930.169521503X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.680.21551920.155421564X-RAY DIFFRACTION99.99
3.68-4.040.19561930.142321610X-RAY DIFFRACTION99.96
4.04-4.630.18211950.134821560X-RAY DIFFRACTION99.65
4.63-5.830.20681930.145721756X-RAY DIFFRACTION99.65
5.83-33.740.19591980.150922277X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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