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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ez2 | ||||||
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Title | Plasmodium falciparum M1 in complex with inhibitor 15ag | ||||||
![]() | M1 family aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calic, P.P.S. / McGowan, S. / Webb, C.T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-based development of potent Plasmodium falciparum M1 and M17 aminopeptidase selective and dual inhibitors via S1'-region optimisation. Authors: Calic, P.P.S. / Vinh, N.B. / Webb, C.T. / Malcolm, T.R. / Ngo, A. / Lowes, K. / Drinkwater, N. / McGowan, S. / Scammells, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 500.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 333.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ewzC ![]() 8ex3C ![]() 8eydC ![]() 8eyeC ![]() 8eyfC ![]() 8ez4C ![]() 3ebgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 104833.969 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O96935, ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 945 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/X68.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/X68.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-X68 / | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.96 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20-30% poly(ethylene glycol) (PEG)8000, 0.1 M Tris pH 7.5-8.5, 0.2 M MgCl2, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.83→43.91 Å / Num. obs: 169716 / % possible obs: 99.91 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.75 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.895 Å / Num. unique obs: 16664 / CC1/2: 0.722 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3EBG Resolution: 1.83→43.91 Å / SU ML: 0.2113 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.1603 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→43.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 17.4482267102 Å / Origin y: 4.11565243463 Å / Origin z: 10.1951963695 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |