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- PDB-8ee1: KS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ee1
タイトルKS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B synthase in complex with antibody fragment AA5
要素
  • 6-deoxyerythronolide B synthase
  • AA5 antibody heavy chain
  • AA5 antibody light chain
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / polyketide synthase (ポリケチド合成酵素) / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain ...PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Brodsky, K.L. / Guzman, K.M. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141799-02 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Discovery and Characterization of Antibody Probes of Module 2 of the 6-Deoxyerythronolide B Synthase.
著者: Guzman, K.M. / Cogan, D.P. / Brodsky, K.L. / Soohoo, A.M. / Li, X. / Sevillano, N. / Mathews, I.I. / Nguyen, K.P. / Craik, C.S. / Khosla, C.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-deoxyerythronolide B synthase
B: AA5 antibody heavy chain
C: AA5 antibody light chain
D: 6-deoxyerythronolide B synthase
G: AA5 antibody heavy chain
H: AA5 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,3486
ポリマ－298,3486
非ポリマー00
水1,33374
1
A: 6-deoxyerythronolide B synthase
B: AA5 antibody heavy chain
C: AA5 antibody light chain

D: 6-deoxyerythronolide B synthase
G: AA5 antibody heavy chain
H: AA5 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,3486
ポリマ－298,3486
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)249.370, 252.440, 63.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

#1: タンパク質 6-deoxyerythronolide B synthase / EryAI


分子量: 97601.609 Da / 分子数: 2 / 断片: KS-AT didomain of module 2 (UNP residues 2033-2921) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryAI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UNP6
#2: 抗体 AA5 antibody heavy chain


分子量: 26334.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 AA5 antibody light chain


分子量: 25238.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Morpheus reagents (0.1 M Carboxylic Acids Mix, 0.1 M Buffer System 2, pH 7.0, 30.6 % v/v Precipitant Mix 2), Silver bullet reagents (0.004 M cadmium chloride hydrate, 0.004 M cobalt(II) ...詳細: Morpheus reagents (0.1 M Carboxylic Acids Mix, 0.1 M Buffer System 2, pH 7.0, 30.6 % v/v Precipitant Mix 2), Silver bullet reagents (0.004 M cadmium chloride hydrate, 0.004 M cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.004 M copper(II) chloride dihydrate, 0.004 nickel(II) chloride hexahydrate, 0.02 M HEPES sodium, pH 6.8)
PH範囲: 6.8-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.62 Å / Num. obs: 110267 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 27.077 % / Biso Wilson estimate: 73.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.846 / Net I/σ(I): 17.97 / Num. measured all: 2985709 / Scaling rejects: 1314
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.7726.3222.9911.66214185824781370.5993.04998.7
2.77-2.8526.0482.412.03193851788974420.6942.45894.3
2.85-2.9328.3321.7322.98220618783277870.8111.76399.4
2.93-3.0228.5151.3173.8213752752574960.8861.34199.6
3.02-3.1228.2921.0534.68205515730272640.9171.07299.5
3.12-3.2327.8840.7816.24197109712070690.9510.79699.3
3.23-3.3527.5980.5428.68188353685268250.9740.55299.6
3.35-3.4927.4090.38211.72178293656565050.9880.38999.1
3.49-3.6425.7680.27614.86159376635161850.9920.28197.4
3.64-3.8227.2670.20918.83158969607758300.9960.21395.9
3.82-4.0228.2330.15624.22163551581557930.9970.15999.6
4.02-4.2727.6380.12228.89151458549754800.9980.12599.7
4.27-4.5626.9420.09933.79138536516851420.9980.10199.5
4.56-4.9326.320.09135.45126520483348070.9990.09399.5
4.93-5.424.60.08834.19104944444542660.9990.0996
5.4-6.0426.9420.08637.18105289403439080.9990.08896.9
6.04-6.9726.970.07343.0197549362936170.9990.07599.7
6.97-8.5425.870.05652.0478696307730420.9990.05898.9
8.54-12.0724.0550.04662.1554725243822750.9990.04793.3
12.07-39.6224.6390.04168.94344201452139710.04296.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C9U

6c9u


解像度: 2.7→39.62 Å / SU ML: 0.4169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.511
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 5510 5 %
Rwork0.2248 104707 -
obs0.2262 110217 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17684 0 0 74 17758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010518051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.264724593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07162784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0253255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.08626333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.46911830.40073485X-RAY DIFFRACTION99.27
2.73-2.760.40031820.3823448X-RAY DIFFRACTION98.27
2.76-2.80.39451710.35983275X-RAY DIFFRACTION92.98
2.8-2.830.39881700.33053237X-RAY DIFFRACTION93.44
2.83-2.870.36151820.30693470X-RAY DIFFRACTION99.46
2.87-2.910.30431870.28683548X-RAY DIFFRACTION99.2
2.91-2.950.34721810.27343446X-RAY DIFFRACTION99.97
2.95-2.990.30561840.26993488X-RAY DIFFRACTION99.46
2.99-3.040.29161870.27273543X-RAY DIFFRACTION99.36
3.04-3.090.28941800.26893433X-RAY DIFFRACTION99.45
3.09-3.140.32111850.27893505X-RAY DIFFRACTION99.49
3.14-3.20.311860.26973533X-RAY DIFFRACTION99.36
3.2-3.260.2951810.26823456X-RAY DIFFRACTION99.64
3.26-3.330.30641850.28063509X-RAY DIFFRACTION99.41
3.33-3.40.31951840.26663493X-RAY DIFFRACTION99.24
3.4-3.480.28121840.23593489X-RAY DIFFRACTION99.19
3.48-3.570.26471860.23273536X-RAY DIFFRACTION99.02
3.57-3.660.25121710.22943245X-RAY DIFFRACTION93.03
3.66-3.770.27331830.22393491X-RAY DIFFRACTION96.74
3.77-3.890.24391820.22763461X-RAY DIFFRACTION99.62
3.89-4.030.22591880.2123556X-RAY DIFFRACTION99.81
4.03-4.190.23751850.19893527X-RAY DIFFRACTION99.6
4.19-4.380.22251870.18843537X-RAY DIFFRACTION99.57
4.38-4.610.20811880.17483579X-RAY DIFFRACTION99.66
4.62-4.90.22941870.19353555X-RAY DIFFRACTION99.36
4.9-5.280.2411870.20153544X-RAY DIFFRACTION98.7
5.28-5.810.26331780.21693398X-RAY DIFFRACTION93.76
5.81-6.650.26911880.22083565X-RAY DIFFRACTION99.26
6.65-8.360.19441920.19323658X-RAY DIFFRACTION99.07
8.36-39.620.20981960.21023697X-RAY DIFFRACTION95.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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