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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dth | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis SPY alternative conformation 2 | ||||||
要素 | Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / O-fucosyltransferase / SPY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / cytokinin-activated signaling pathway / O-GlcNAc転移酵素 / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / ABCモデル ...negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / cytokinin-activated signaling pathway / O-GlcNAc転移酵素 / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / ABCモデル / regulation of reactive oxygen species metabolic process / rhythmic process / 細胞分化 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, S. / Zhou, Y. / Dillard, L. / Borgnia, M.J. / Bartesaghi, A. / Zhou, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the full length Arabidopsis SPY with complete TPRs 著者: Kumar, S. / Zhou, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dth.cif.gz | 253.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dth.ent.gz | 204 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dth | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105278.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SPY, At3g11540, F24K9.29 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q96301, O-GlcNAc転移酵素, peptide-O-fucosyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Apo SPY in alternative conformation 2 / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 289.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 54900 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 269690 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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