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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dh6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae cytochrome c oxidase (Complex IV) extracted in lipid nanodiscs | ||||||
要素 | (Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 9 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / cytochrome c oxidase (シトクロムcオキシダーゼ) / Complex IV (シトクロムcオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / ミトコンドリア / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Godoy, A.S. / Song, Y. / Cheruvara, H. / Quigley, A. / Oliva, G. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae cytochrome c oxidase (Complex IV) extracted in lipid nanodiscs 著者: Godoy, A.S. / Song, Y. / Cheruvara, H. / Quigley, A. / Oliva, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dh6.cif.gz | 296 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dh6.ent.gz | 236.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 27430MC 8dh7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 9種, 9分子 abcdefghi
#1: タンパク質 | 分子量: 58832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00401, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26779.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00410, シトクロムcオキシダーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 30383.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00420, シトクロムcオキシダーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 14188.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04037 |
#5: タンパク質 | 分子量: 14891.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00424 |
#6: タンパク質 | 分子量: 12641.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00427 |
#7: タンパク質 | 分子量: 6811.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10174 |
#8: タンパク質 | 分子量: 5737.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04039 |
#9: タンパク質 | 分子量: 6471.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07255 |
-非ポリマー , 6種, 17分子
#10: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#11: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-PEF / #15: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex IVシトクロムcオキシダーゼ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.011775103 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247631 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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