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万見
- PDB-8dao: Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dao
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79
要素
  • COV44-79 heavy chain constant domain
  • COV44-79 heavy chain variable domain
  • COV44-79 light chain constant domain
  • COV44-79 light chain variable domain
  • Spike protein S2 fusion peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / antibody (抗体) / fusion peptide (膜融合タンパク質) / neutralizing antibody (中和抗体) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年))
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / 獲得免疫系 / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / blood microparticle / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / 免疫応答 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lin, T.H. / Lee, C.C.D. / Yuan, M. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Broadly neutralizing antibodies target the coronavirus fusion peptide.
著者: Dacon, C. / Tucker, C. / Peng, L. / Lee, C.D. / Lin, T.H. / Yuan, M. / Cong, Y. / Wang, L. / Purser, L. / Williams, J.K. / Pyo, C.W. / Kosik, I. / Hu, Z. / Zhao, M. / Mohan, D. / Cooper, A.J. ...著者: Dacon, C. / Tucker, C. / Peng, L. / Lee, C.D. / Lin, T.H. / Yuan, M. / Cong, Y. / Wang, L. / Purser, L. / Williams, J.K. / Pyo, C.W. / Kosik, I. / Hu, Z. / Zhao, M. / Mohan, D. / Cooper, A.J.R. / Peterson, M. / Skinner, J. / Dixit, S. / Kollins, E. / Huzella, L. / Perry, D. / Byrum, R. / Lembirik, S. / Drawbaugh, D. / Eaton, B. / Zhang, Y. / Yang, E.S. / Chen, M. / Leung, K. / Weinberg, R.S. / Pegu, A. / Geraghty, D.E. / Davidson, E. / Douagi, I. / Moir, S. / Yewdell, J.W. / Schmaljohn, C. / Crompton, P.D. / Holbrook, M.R. / Nemazee, D. / Mascola, J.R. / Wilson, I.A. / Tan, J.
履歴
登録2022年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: COV44-79 heavy chain variable domain
D: COV44-79 light chain variable domain
E: COV44-79 heavy chain constant domain
F: COV44-79 light chain constant domain
I: Spike protein S2 fusion peptide
A: COV44-79 heavy chain variable domain
B: COV44-79 light chain variable domain
G: COV44-79 heavy chain constant domain
H: COV44-79 light chain constant domain
J: Spike protein S2 fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,47610
ポリマ－99,47610
非ポリマー00
水0
1
C: COV44-79 heavy chain variable domain
D: COV44-79 light chain variable domain
E: COV44-79 heavy chain constant domain
F: COV44-79 light chain constant domain
I: Spike protein S2 fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7385
ポリマ－49,7385
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: COV44-79 heavy chain variable domain
B: COV44-79 light chain variable domain
G: COV44-79 heavy chain constant domain
H: COV44-79 light chain constant domain
J: Spike protein S2 fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7385
ポリマ－49,7385
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.368, 100.368, 229.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: 抗体 COV44-79 heavy chain variable domain


分子量: 13673.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 COV44-79 light chain variable domain


分子量: 11933.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 COV44-79 heavy chain constant domain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 10585.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P0DOX5
#4: タンパク質 COV44-79 light chain constant domain / Immunoglobulin kappa constant / Ig kappa chain C region / Ig kappa chain C region AG / Ig kappa ...Immunoglobulin kappa constant / Ig kappa chain C region / Ig kappa chain C region AG / Ig kappa chain C region CUM / Ig kappa chain C region EU / Ig kappa chain C region OU / Ig kappa chain C region ROY / Ig kappa chain C region TI


分子量: 11778.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01834
#5: タンパク質・ペプチド Spike protein S2 fusion peptide


分子量: 1767.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
参照: UniProt: P0DTC2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 29592 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 63.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 0.421 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 309440
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.859.91.4113840.4060.4391.4820.21495.9
2.85-2.910.11.2814020.520.3971.3450.21796
2.9-2.96101.17814210.5480.3661.2380.2395.1
2.96-3.02100.94713840.6810.2940.9950.23397.5
3.02-3.089.80.8114500.7740.2560.8530.24197.8
3.08-3.159.90.67514490.8210.2140.7110.25497.8
3.15-3.239.90.58814460.8560.1880.620.27699.1
3.23-3.32100.48414610.9030.1550.510.28999.4
3.32-3.429.90.39714640.9670.1290.4190.31599.8
3.42-3.539.80.31814750.9550.1040.3360.34799.9
3.53-3.659.60.26314930.9720.0870.2780.3699.8
3.65-3.88.70.23414680.9760.0830.2490.39899.8
3.8-3.979.10.19414900.9820.0670.2060.40999.5
3.97-4.1811.50.15515050.9930.0470.1620.443100
4.18-4.44120.12814820.9940.0390.1340.516100
4.44-4.7912.10.11415220.9960.0340.1190.546100
4.79-5.2712.10.10615160.9960.0310.1110.549100
5.27-6.0311.80.1115240.9950.0330.1150.5299.8
6.03-7.5910.30.09615550.9960.0310.1010.56299.6
7.59-5012.10.06417010.9990.0190.0671.036100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8D6Z

8d6z


解像度: 2.8→49.88 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 1457 4.94 %
Rwork0.2306 28040 -
obs0.2332 29497 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.5 Å2 / Biso mean: 65.5669 Å2 / Biso min: 4.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6914 0 0 0 6914
残基数----912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.90.35711310.30042596272793
2.9-3.010.3341250.29852664278996
3.01-3.150.42841610.31152741290298
3.15-3.310.35031490.29512754290399
3.32-3.520.32481520.25427932945100
3.52-3.790.38861290.251528342963100
3.79-4.180.25811440.215328502994100
4.18-4.780.20331410.178828673008100
4.78-6.020.25521610.188528753036100
6.02-49.880.23721640.227630663230100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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