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- PDB-8d6j: Human Ago2 bound to miR122(21nt) with PIWI loop swapped to AtAgo1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d6j
タイトルHuman Ago2 bound to miR122(21nt) with PIWI loop swapped to AtAgo10 sequence
要素
  • Protein argonaute-2
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / RNAi (RNA干渉) / microRNA (MiRNA) / miRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of trophoblast cell migration / RNA secondary structure unwinding / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Regulation of MECP2 expression and activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / translation initiation factor activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / MAPK6/MAPK4 signaling / P-body / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / 翻訳 (生物学) / 樹状突起 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xiao, Y. / MacRae, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127090 米国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2023
タイトル: A tiny loop in the Argonaute PIWI domain tunes small RNA seed strength.
著者: Xiao, Y. / Liu, T.M. / MacRae, I.J.
履歴
登録2022年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
B: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2913
ポリマ－104,2672
非ポリマー241
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area36980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.302, 107.512, 68.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2 / Argonaute2 / hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation ...Argonaute2 / hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF-2C 2 / eIF2C 2 / PAZ Piwi domain protein / PPD / Protein slicer


分子量: 97479.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO2, EIF2C2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UKV8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6788.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris 8, 0.01 MgCl2, 0.1M Phenol,15% PEG 3350, 10% Isoproponal.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.22 Å / Num. obs: 30141 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03704 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2961 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique obs: 2992 / CC1/2: 0.832 / CC star: 0.953 / Rpim(I) all: 0.2961 / Rrim(I) all: 0.4187 / % possible all: 99.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OLA

4ola


解像度: 2.5→39.22 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 1313 4.36 %
Rwork0.232 28823 -
obs0.2343 30136 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.55 Å2 / Biso mean: 66.08 Å2 / Biso min: 23.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 219 1 50 6774
Biso mean--50.11 44.1 -
残基数----821
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.60.34511490.29773202335199
2.6-2.720.34661440.29023190333498
2.72-2.860.40111500.3063149329998
2.86-3.040.28621320.27593223335599
3.04-3.280.29881490.26673215336499
3.28-3.60.29771510.25813159331098
3.61-4.130.27261400.21833215335599
4.13-5.20.25421430.19033228337199
5.2-39.220.25391550.20133242339799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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