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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d3i | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) W196A mutant complexed with quinolin-4-amine | ||||||||||||
要素 | (Apoptosis-inducing factor 1, ...) x 2 | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / mitochondrial import / oxidative phosphorylation (酸化的リン酸化) / SAXS (X線小角散乱) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to nitric oxide / FAD binding / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia / neuron differentiation / ミトコンドリア / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / ミトコンドリア内膜 / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / DNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Brosey, C.A. / Tainer, J.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024 タイトル: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes. 著者: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d3i.cif.gz | 579 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d3i.ent.gz | 396.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8d3eC 8d3gC 8d3hC 8d3jC 8d3kC 8d3nC 8d3oC 5kvhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.539998331022, -0.84113386077, -0.0299270907284), (-0.841452857521, 0.540320470331, -0.00329816783788), (0.018944420385, 0.0234012308828, -0.999546642898)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.539998331022, -0.84113386077, -0.0299270907284), ベクター: |
-要素
-Apoptosis-inducing factor 1, ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 59355.434 Da / 分子数: 1 / 変異: W196A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 59371.434 Da / 分子数: 1 / 変異: W196A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体 |
-非ポリマー , 5種, 60分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.32 M Na2SO4, 18% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→29.49 Å / Num. obs: 37931 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 49.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.925 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4578 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.287 / Rrim(I) all: 0.969 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KVH 解像度: 2.65→29.49 Å / SU ML: 0.328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7679 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.49 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.495592137127 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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