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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cz9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the E372K LNK SH2 Domain mutant in Complex with a JAK2 pY813 Phosphopeptide | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / LNK / SH2B3 / JAK/STAT (JAK-STATシグナル伝達経路) / MPNs | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Kit signaling pathway / monocyte homeostasis / thrombopoietin-mediated signaling pathway / stem cell factor receptor binding / negative regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / negative regulation of response to cytokine stimulus / regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT ...negative regulation of Kit signaling pathway / monocyte homeostasis / thrombopoietin-mediated signaling pathway / stem cell factor receptor binding / negative regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / negative regulation of response to cytokine stimulus / regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / neutrophil homeostasis / negative regulation of platelet aggregation / cellular response to chemokine / cellular response to interleukin-3 / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / phosphate ion binding / erythrocyte development / 造血 / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of MAP kinase activity / signaling receptor complex adaptor activity / 細胞分化 / intracellular signal transduction / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Morris, R. / Kershaw, N.J. / Babon, J.J. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2024 タイトル: Rare SH2B3 coding variants in lupus patients impair B cell tolerance and predispose to autoimmunity. 著者: Zhang, Y. / Morris, R. / Brown, G.J. / Lorenzo, A.M.D. / Meng, X. / Kershaw, N.J. / Kiridena, P. / Burgio, G. / Gross, S. / Cappello, J.Y. / Shen, Q. / Wang, H. / Turnbull, C. / Lea-Henry, T. ...著者: Zhang, Y. / Morris, R. / Brown, G.J. / Lorenzo, A.M.D. / Meng, X. / Kershaw, N.J. / Kiridena, P. / Burgio, G. / Gross, S. / Cappello, J.Y. / Shen, Q. / Wang, H. / Turnbull, C. / Lea-Henry, T. / Stanley, M. / Yu, Z. / Ballard, F.D. / Chuah, A. / Lee, J.C. / Hatch, A.M. / Enders, A. / Masters, S.L. / Headley, A.P. / Trnka, P. / Mallon, D. / Fletcher, J.T. / Walters, G.D. / Sestan, M. / Jelusic, M. / Cook, M.C. / Athanasopoulos, V. / Fulcher, D.A. / Babon, J.J. / Vinuesa, C.G. / Ellyard, J.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cz9.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cz9.ent.gz | 25.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cz9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8cz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/8cz9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7r8wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12581.616 Da / 分子数: 1 / 変異: E372K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sh2b3, Lnk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50745 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1059.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % |
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結晶化 | 温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 8000, 0.05 M MgAc , 0.1 M Tris ph 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→35.9 Å / Num. obs: 111266 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 20.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 11000 / CC1/2: 0.818 / Rrim(I) all: 0.76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7R8W 解像度: 1.65→35.9 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.04 Å2 / Biso mean: 32.7311 Å2 / Biso min: 17.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→35.9 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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