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- PDB-8cds: Crystal structure of the xhNup93-Nb4i VHH antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cds
タイトルCrystal structure of the xhNup93-Nb4i VHH antibody
要素5-Nup93 inhibitory VHH antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / inhibitory VHH antibody / nanobody (ナノボディ)
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Guttler, T. / Colom, M.S. / Gorlich, D.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: A checkpoint function for Nup98 in nuclear pore formation suggested by novel inhibitory nanobodies.
著者: Mireia Solà Colom / Zhenglin Fu / Philip Gunkel / Thomas Güttler / Sergei Trakhanov / Vasundara Srinivasan / Kathrin Gregor / Tino Pleiner / Dirk Görlich /
要旨: Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from ...Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from frog to human. We also report a simplified assay that directly tracks postmitotic NPC assembly with added fluorophore-labeled anti-Nup nanobodies. During interphase, NPCs are inserted into a pre-existing nuclear envelope. Monitoring this process is challenging because newly assembled NPCs are indistinguishable from pre-existing ones. We overcame this problem by inserting Xenopus-derived NPCs into human nuclear envelopes and using frog-specific anti-Nup nanobodies for detection. We further asked whether anti-Nup nanobodies could serve as NPC assembly inhibitors. Using a selection strategy against conserved epitopes, we obtained anti-Nup93, Nup98, and Nup155 nanobodies that block Nup-Nup interfaces and arrest NPC assembly. We solved structures of nanobody-target complexes and identified roles for the Nup93 α-solenoid domain in recruiting Nup358 and the Nup214·88·62 complex, as well as for Nup155 and the Nup98 autoproteolytic domain in NPC scaffold assembly. The latter suggests a checkpoint linking pore formation to the assembly of the Nup98-dominated permeability barrier.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-Nup93 inhibitory VHH antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0673
ポリマ－13,8981
非ポリマー1682
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.877, 42.105, 44.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.055, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 5-Nup93 inhibitory VHH antibody


分子量: 13898.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M imidazole pH 8, 30% (w/v) PEG 8,000, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→30.71 Å / Num. obs: 40137 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.2187 % / Biso Wilson estimate: 19.32 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 9.94
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.36-1.442.48962890.3123.0711
1.44-1.540.6460010.7150.7791
1.54-1.660.27356290.9230.3321
1.66-1.820.13651740.9760.1651
1.82-2.040.07447660.9910.091
2.04-2.350.05742650.9930.0671
2.35-2.880.05436030.9940.0631
2.88-4.060.04528160.9960.0531
4.06-30.710.0415940.9970.0471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
PHASER2.8.2位相決定
XDSJan 31, 2020 BUILT=20200417データ削減
XSCALEJan 31, 2020 BUILT=20200417データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→30.71 Å / SU ML: 0.1756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.8197 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1755 1436 9.76 %
Rwork0.1333 13284 -
obs0.1376 14720 96.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→30.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 11 144 1126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80371442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1987640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.580.25411400.17491313X-RAY DIFFRACTION94.05
1.58-1.650.22791430.14821274X-RAY DIFFRACTION95.1
1.65-1.720.21851350.15331312X-RAY DIFFRACTION94.95
1.72-1.810.21141440.13231303X-RAY DIFFRACTION95.01
1.81-1.930.19231420.1231322X-RAY DIFFRACTION96.32
1.93-2.080.18611320.12541338X-RAY DIFFRACTION96.65
2.08-2.290.19881470.13321326X-RAY DIFFRACTION97.36
2.29-2.620.20021500.14691342X-RAY DIFFRACTION97.77
2.62-3.30.18631580.14431348X-RAY DIFFRACTION97.79
3.3-30.710.12411450.1191406X-RAY DIFFRACTION98.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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