PDB-8c86: Crystal structure of human transthyretin in complex with 3-O-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c86

タイトル

Crystal structure of human transthyretin in complex with 3-O-methyltolcapone analogue 2

要素

Transthyretin

トランスサイレチン

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN /

AMYLOIDOSIS (アミロイドーシス) /

TETRAMER (四量体) /

BINDING PROTEIN (結合タンパク質) /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) /

thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport /

hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Poonsiri, T. / Benini, S. / Loconte, V. / Cianci, M.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: 3-O-Methyltolcapone and Its Lipophilic Analogues Are Potent Inhibitors of Transthyretin Amyloidogenesis with High Permeability and Low Toxicity.
著者: Poonsiri, T. / Dell'Accantera, D. / Loconte, V. / Casnati, A. / Cervoni, L. / Arcovito, A. / Benini, S. / Ferrari, A. / Cipolloni, M. / Cacioni, E. / De Franco, F. / Giacche, N. / Rinaldo, S. ...

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c86.cif.gz	192.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c86.ent.gz	130.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/8c86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/8c86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c85C 6suh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Transthyretin

A: Transthyretin

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Transthyretin

A: Transthyretin

ヘテロ分子

B: Transthyretin

A: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.961, 84.875, 63.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- TQ0
2	1	B-201- TQ0
3	1	B-201- TQ0
4	1	A-201- TQ0
5	1	A-309- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / トランスサイレチン / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-TQ0 / (2,4-dimethylphenyl)-(3-methoxy-5-nitro-4-oxidanyl-phenyl)methanone 分子量: 302.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M Tris 7.5, and 25% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.885 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.885 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→42.44 Å / Num. obs: 657887 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.73 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / R_merge(I) obs: 1.091 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4420 / CC_1/2: 0.654 / R_pim(I) all: 0.467

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→42.44 Å / SU ML: 0.0888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.8729
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1576	4647	5.07 %
R_work	0.1381	87041	-
obs	0.1391	91688	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→42.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1792	0	44	170	2006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0146	2095
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3465	2913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1063	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0122	380
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.5708	319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.3149	145	0.2514	2845	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.11-1.13	0.2529	135	0.2401	2857	X-RAY DIFFRACTION	98.16
1.13-1.14	0.2414	143	0.2238	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.14-1.15	0.2131	151	0.2026	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.15-1.17	0.2353	139	0.2016	2850	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.17-1.18	0.2282	156	0.1921	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.18-1.2	0.221	154	0.1841	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.2-1.22	0.2144	162	0.1777	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.22-1.24	0.217	150	0.1731	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.24-1.26	0.17	137	0.161	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.26-1.28	0.2038	145	0.146	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.28-1.3	0.1764	175	0.1468	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.3-1.33	0.1673	134	0.1389	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.33-1.36	0.1688	161	0.1266	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.36-1.39	0.1398	165	0.1155	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.39-1.42	0.1632	163	0.1176	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1394	142	0.1145	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.49	0.1223	147	0.1129	2904	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.49-1.54	0.1434	183	0.1011	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.54-1.59	0.1426	154	0.0978	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.1129	165	0.0961	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.64-1.71	0.1315	148	0.1055	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.71-1.79	0.1434	187	0.1129	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.88	0.1349	140	0.1095	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-2	0.1171	149	0.1059	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.15	0.1268	175	0.1092	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.37	0.1522	149	0.1196	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.71	0.147	172	0.139	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.71-3.42	0.178	152	0.1467	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.42-42.44	0.1646	169	0.164	3102	X-RAY DIFFRACTION	98.35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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