PDB-8byo: fragment-linked stabilizer for ERa - 14-3-3 interaction (1074361)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8byo

タイトル

fragment-linked stabilizer for ERa - 14-3-3 interaction (1074361)

要素

14-3-3 protein sigma
ERalpha peptide

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

14-3-3 (14-3-3タンパク質) / ERa / fragment linking / stabilization

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell division /

protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development /

ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Visser, E.J. / Vandenboorn, E.M.F. / Ottmann, C.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: From Tethered to Freestanding Stabilizers of 14-3-3 Protein-Protein Interactions through Fragment Linking.
著者: Visser, E.J. / Jaishankar, P. / Sijbesma, E. / Pennings, M.A.M. / Vandenboorn, E.M.F. / Guillory, X. / Neitz, R.J. / Morrow, J. / Dutta, S. / Renslo, A.R. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R. / Ottmann, C.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8byo.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8byo.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8byo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8byo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8byo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bwjC 8bwxC 8bwzC 8bx0C 8bx3C 8bx4C 8bxiC 8bxmC 8bxnC 8bxoC 8bxqC 8bxsC 8by9C 8bybC 8bycC 8bydC 8byeC 8byfC 8bygC 8byyC 8byzC 8bz0C 8bz9C 8bzaC 8bzbC 8bzwC 8c04C 8c0kC 8c4fC 8c4gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (16) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (16)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein sigma

B: ERalpha peptide

ヘテロ分子

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 14-3-3 protein sigma

B: ERalpha peptide

ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma

B: ERalpha peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.839, 112.354, 62.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin 分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド	ERalpha peptide 分子量: 613.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-U0L / ~{N}-[3-(5-carbamimidoylthiophen-3-yl)phenyl]-2-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenoxy)-2-methyl-propanamide 分子量: 431.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉ClFN₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.1), PEG400 (24% (v/v)), 0.19 M CaCl2 and 5% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97629 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→41.83 Å / Num. obs: 90431 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 4402 / CC_1/2: 0.877

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
DIALS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→34.23 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.171	8683	4.99 %
R_work	0.1642	-	-
obs	0.1646	90431	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1891	0	32	395	2318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	2627
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.539	270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.22	268	0.2107	5497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.23	0.2261	307	0.2068	5505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.24	0.2255	335	0.2049	5463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.26	0.1886	312	0.1939	5420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.28	0.1865	317	0.1942	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.29	0.1854	302	0.1958	5497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.31	0.209	305	0.1883	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.1881	286	0.1853	5462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.2	271	0.1845	5577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.1906	279	0.18	5522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.4	0.1899	291	0.1779	5499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.2152	262	0.1764	5524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1836	290	0.1745	5535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.1666	244	0.1661	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.1627	258	0.1615	5561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.55	0.1587	280	0.1633	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.59	0.1656	305	0.1569	5518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.1651	329	0.147	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.68	0.1577	297	0.1541	5513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.1675	320	0.1565	5507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.1552	287	0.16	5499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.1754	295	0.1577	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.95	0.164	243	0.1583	5565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.05	0.1711	307	0.1566	5468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.18	0.1433	302	0.1475	5533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1466	303	0.1429	5485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.58	0.161	277	0.1524	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.96	0.1702	219	0.1684	5576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.73	0.1589	300	0.1609	5520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-34.23	0.1896	292	0.1729	5517	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)