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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bvo | |||||||||
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タイトル | Titin I110-I111 FnIII tandem from the MIR region (I/A5-I/A6) | |||||||||
要素 | Titinチチン | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / titin (チチン) / MIR / I-band / I/A junction / FnIII (フィブロネクチンIII型ドメイン) / Ig | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Mayans, O. / Fleming, J.R. / Williams, R. | |||||||||
資金援助 | 英国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Biomedicines / 年: 2023 タイトル: Immunological and Structural Characterization of Titin Main Immunogenic Region; I110 Domain Is the Target of Titin Antibodies in Myasthenia Gravis. 著者: Stergiou, C. / Williams, R. / Fleming, J.R. / Zouvelou, V. / Ninou, E. / Andreetta, F. / Rinaldi, E. / Simoncini, O. / Mantegazza, R. / Bogomolovas, J. / Tzartos, J. / Labeit, S. / Mayans, O. / Tzartos, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bvo.cif.gz | 107 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bvo.ent.gz | 70.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8bw6C 8bxrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22248.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% (w/v) PEG 1500, 20% (w/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→38.61 Å / Num. obs: 7239 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 65.93 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 6.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.6 Å / Num. unique obs: 401 / CC1/2: 0.424 / Rrim(I) all: 0.1828 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→38.61 Å / SU ML: 0.6479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.8037 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→38.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.248237786025 Å / Origin y: 4.71987781321 Å / Origin z: -14.6338084419 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid -1 through 196) |