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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bnq | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the FnIII-tandem A84-A86 from the A-band of titin | ||||||||||||
要素 | Titinチチン | ||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / titin (チチン) / muscle (骨格筋) / A-band | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / M band / actinin binding / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / protein kinase A signaling / cardiac muscle contraction / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zacharchenko, T. / Fleming, J.R. / Mayans, O. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Muscle Res.Cell.Motil. / 年: 2023 タイトル: Molecular insights into titin's A-band. 著者: Fleming, J.R. / Muller, I. / Zacharchenko, T. / Diederichs, K. / Mayans, O. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bnq.cif.gz | 263.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bnq.ent.gz | 203.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bnq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bnq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2nziS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33543.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 5% [v/v] polyethylene glycol 400 and 40% [v/v] 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9725 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9725 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→29.5 Å / Num. obs: 27975 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 45.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 9.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 2819 / CC1/2: 0.492 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2NZI 解像度: 2.3→29.5 Å / SU ML: 0.3396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.6361 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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