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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aww | ||||||
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タイトル | Transthyretin conjugated with a tafamidis derivative | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TTR / tafamidis (タファミジス) / protein-drug conjugates / drug design (医薬品設計) / cancer therapy. (悪性腫瘍) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cerofolini, L. / Vasa, K. / Bianconi, E. / Salobehaj, M. / Cappelli, G. / Licciardi, G. / Perez-Rafols, A. / Padilla Cortes, L.D. / Antonacci, S. / Rizzo, D. ...Cerofolini, L. / Vasa, K. / Bianconi, E. / Salobehaj, M. / Cappelli, G. / Licciardi, G. / Perez-Rafols, A. / Padilla Cortes, L.D. / Antonacci, S. / Rizzo, D. / Ravera, E. / Calderone, V. / Parigi, G. / Luchinat, C. / Macchiarulo, A. / Menichetti, S. / Fragai, M. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Combining Solid-State NMR with Structural and Biophysical Techniques to Design Challenging Protein-Drug Conjugates. 著者: Cerofolini, L. / Vasa, K. / Bianconi, E. / Salobehaj, M. / Cappelli, G. / Bonciani, A. / Licciardi, G. / Perez-Rafols, A. / Padilla-Cortes, L. / Antonacci, S. / Rizzo, D. / Ravera, E. / ...著者: Cerofolini, L. / Vasa, K. / Bianconi, E. / Salobehaj, M. / Cappelli, G. / Bonciani, A. / Licciardi, G. / Perez-Rafols, A. / Padilla-Cortes, L. / Antonacci, S. / Rizzo, D. / Ravera, E. / Viglianisi, C. / Calderone, V. / Parigi, G. / Luchinat, C. / Macchiarulo, A. / Menichetti, S. / Fragai, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aww.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aww.ent.gz | 46.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8aww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8aww | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3tctS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12703.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.4 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.541 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→35.47 Å / Num. obs: 31504 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2783 / CC1/2: 0.67 / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3tct 解像度: 1.6→35.47 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.71 Å2 / Biso mean: 23.7774 Å2 / Biso min: 9.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→35.47 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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