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Yorodumi- PDB-8as0: PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8as0 | ||||||||||||
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Title | PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody | ||||||||||||
Components |
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Keywords | ANTITUMOR PROTEIN / Monoclonal antibodies / phage display technology / antibody library / human PD-1 / immunotherapy | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / PD-1 signaling / regulation of immune response / Potential therapeutics for SARS ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / PD-1 signaling / regulation of immune response / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||||||||
Authors | Ongaro, T. / Scietti, L. / Pluss, L. / Peissert, F. / Villa, A. / Puca, E. / De Luca, R. / Neri, D. / Forneris, F. | ||||||||||||
Funding support | Italy, United States, 3items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2022 Title: Selection of a PD-1 blocking antibody from a novel fully human phage display library. Authors: Peissert, F. / Pluss, L. / Giudice, A.M. / Ongaro, T. / Villa, A. / Elsayed, A. / Nadal, L. / Dakhel Plaza, S. / Scietti, L. / Puca, E. / De Luca, R. / Forneris, F. / Neri, D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8as0.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8as0.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8as0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8as0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8as0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5wt9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules AFILORXY
#3: Protein | Mass: 19073.203 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: expression tag at C-terminus: GLNDIFEAQKIEWHEHHHHHH Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDCD1, PD1 / Cell line (production host): CHO / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: Q15116 |
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-Antibody , 2 types, 16 molecules CDGJMPVSBEHKNQWT
#1: Antibody | Mass: 23343.863 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line: AMG phage library / Cell line (production host): CHO / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #2: Antibody | Mass: 23792.594 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line: AMG phage library / Cell line (production host): CHO / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
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-Sugars , 8 types, 21 molecules
#4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||||||
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#5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: Polysaccharide | #7: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: Polysaccharide | #10: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1056.964 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #11: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 / Details: 22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→190.84 Å / Num. obs: 68755 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 1.7 % / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 3.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.58 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Num. unique obs: 4708 / CC1/2: 0.431 / Rpim(I) all: 0.431 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5WT9, Alphafold2 Resolution: 3.5→95.42 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→95.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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