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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ah6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein in the space group P21 at pH 4.0 | ||||||
![]() | cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | pH 4.5 P21 polymorph | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: pH-Driven Polymorphic Behaviour of the Third PDZ Domain of PSD95: The Role of Electrostatic Interactions 著者: Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M. / Gavira, J.A. / Murciano-Calles, J. / Andujar-Sanchez, M. / Ortiz-Salmeron, E. / Martinez, J.C. / Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11148.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.95 % / Mosaicity: 0.33 ° |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.63→19.68 Å / Num. obs: 19832 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 19.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 83547 / Scaling rejects: 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6QJI 解像度: 1.63→19.68 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 20.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.92 Å2 / Biso mean: 24.8422 Å2 / Biso min: 13.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→19.68 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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