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- PDB-8acw: X-ray structure of Na+-NQR from Vibrio cholerae at 3.4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acw
タイトルX-ray structure of Na+-NQR from Vibrio cholerae at 3.4 A resolution
要素(Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit ...) x 6
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / respiratory complex (呼吸器) / NADH ubiquinone oxido reducatase / Na+ pump
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity ...NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / NqrDE/RnfAE / Ion-translocating oxidoreductase NqrB/RnfD / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / Rnf-Nqr subunit, membrane protein / NQR2, RnfD, RnfE family / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A (NQRA) ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / NqrDE/RnfAE / Ion-translocating oxidoreductase NqrB/RnfD / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / Rnf-Nqr subunit, membrane protein / NQR2, RnfD, RnfE family / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A (NQRA) / NQRA C-terminal domain / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / FMN-binding / FMN-binding domain / FMN_bind / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / : / リシン / リボフラビン / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B ...フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / : / リシン / リボフラビン / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fritz, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)311211092 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Conformational coupling of redox-driven Na-translocation in Vibrio cholerae NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Jann-Louis Hau / Susann Kaltwasser / Valentin Muras / Marco S Casutt / Georg Vohl / Björn Claußen / Wojtek Steffen / Alexander Leitner / Eckhard Bill / George E Cutsail / Serena DeBeer / ...著者: Jann-Louis Hau / Susann Kaltwasser / Valentin Muras / Marco S Casutt / Georg Vohl / Björn Claußen / Wojtek Steffen / Alexander Leitner / Eckhard Bill / George E Cutsail / Serena DeBeer / Janet Vonck / Julia Steuber / Günter Fritz /
要旨: In the respiratory chain, NADH oxidation is coupled to ion translocation across the membrane to build up an electrochemical gradient. In the human pathogen Vibrio cholerae, the sodium-pumping NADH: ...In the respiratory chain, NADH oxidation is coupled to ion translocation across the membrane to build up an electrochemical gradient. In the human pathogen Vibrio cholerae, the sodium-pumping NADH:quinone oxidoreductase (Na-NQR) generates a sodium gradient by a so far unknown mechanism. Here we show that ion pumping in Na-NQR is driven by large conformational changes coupling electron transfer to ion translocation. We have determined a series of cryo-EM and X-ray structures of the Na-NQR that represent snapshots of the catalytic cycle. The six subunits NqrA, B, C, D, E, and F of Na-NQR harbor a unique set of cofactors that shuttle the electrons from NADH twice across the membrane to quinone. The redox state of a unique intramembranous [2Fe-2S] cluster orchestrates the movements of subunit NqrC, which acts as an electron transfer switch. We propose that this switching movement controls the release of Na from a binding site localized in subunit NqrB.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
C: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
D: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
E: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
F: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,76117
ポリマ－213,6176
非ポリマー4,14411
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.720, 142.940, 103.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-NQR subunit A / Na(+)-translocating NQR subunit A / NQR complex subunit A / NQR-1 subunit A


分子量: 51125.391 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal His tag / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His tag: MGSSHHHHHHSSGLEVLFQGP / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: nqrA, ERS013165_00619, ERS013186_02081, ERS013199_02394, ERS013202_01882, ERS013206_02986, ERS013207_01957
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A655PZA5, NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
#2: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-NQR subunit B / Na(+)-translocating NQR subunit B / NQR complex subunit B / NQR-1 subunit B


分子量: 45390.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: nqrB, D6U24_04465, ERS013186_02082, ERS013198_02508, ERS013199_02395, ERS013200_04117, ERS013202_01883, ERS013206_02987, ERS013207_01958, EYB64_17950, F0H40_10090, FLM02_04820, FLM12_ ...遺伝子: nqrB, D6U24_04465, ERS013186_02082, ERS013198_02508, ERS013199_02395, ERS013200_04117, ERS013202_01883, ERS013206_02987, ERS013207_01958, EYB64_17950, F0H40_10090, FLM02_04820, FLM12_12920, FXE67_12105, HPY07_02915
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A085SSI3, NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
#3: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-NQR subunit C / Na(+)-translocating NQR subunit C / NQR complex subunit C / NQR-1 subunit C


分子量: 27652.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: nqrC, BC353_01370, D6U24_04470, ERS013165_00616, ERS013186_02083, ERS013198_02507, ERS013199_02396, ERS013200_04118, ERS013201_01110, ERS013202_01884, ERS013206_02988, ERS013207_01959, ...遺伝子: nqrC, BC353_01370, D6U24_04470, ERS013165_00616, ERS013186_02083, ERS013198_02507, ERS013199_02396, ERS013200_04118, ERS013201_01110, ERS013202_01884, ERS013206_02988, ERS013207_01959, F0H40_10095, FLM02_04815, FLM12_12915
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A085R7S2, NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
#4: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-NQR subunit D / Na(+)-translocating NQR subunit D / NQR complex subunit D / NQR-1 subunit D


分子量: 22853.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: nqrD, BC353_01365, D6U24_04475, ERS013165_00615, ERS013186_02084, ERS013198_02506, ERS013199_02397, ERS013200_04119, ERS013201_01111, ERS013202_01885, ERS013206_02989, ERS013207_01960, ...遺伝子: nqrD, BC353_01365, D6U24_04475, ERS013165_00615, ERS013186_02084, ERS013198_02506, ERS013199_02397, ERS013200_04119, ERS013201_01111, ERS013202_01885, ERS013206_02989, ERS013207_01960, EYB64_17940, F0315_08345, F0H40_10100, F0M16_14020, FLM02_04810, FLM12_12910, HPY07_02925
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A085RHY8, NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
#5: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-NQR subunit E / Na(+)-translocating NQR subunit E / NQR complex subunit E / NQR-1 subunit E


分子量: 21481.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: nqrE, BC353_01360, D6U24_04480, ERS013165_00614, ERS013186_02085, ERS013198_02505, ERS013199_02398, ERS013200_04120, ERS013201_01112, ERS013202_01886, ERS013206_02990, ERS013207_01961, ...遺伝子: nqrE, BC353_01360, D6U24_04480, ERS013165_00614, ERS013186_02085, ERS013198_02505, ERS013199_02398, ERS013200_04120, ERS013201_01112, ERS013202_01886, ERS013206_02990, ERS013207_01961, EYB64_17935, F0315_08350, F0H40_10105, F0M16_14025, FLM02_04805, FLM12_12905, HPY07_02930
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A085QWM0, NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)
#6: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-NQR subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F


分子量: 45113.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: nqrF, D6U24_04485, ERS013198_02504, ERS013199_02399, ERS013201_01113, ERS013202_01887, ERS013206_02991, EYB64_17930, FLM12_12900
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A0A085ST13, NADH:ユビキノン還元酵素 (ナトリウムイオン輸送型)

-
糖 , 1種, 3分子

#9: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 8分子

#7: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#8: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#11: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#12: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#13: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40 mM KSCN, 21.0% PEG 2000MME, 100 mM Tris-acetic acid, 8% 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.6 Å / Num. obs: 35115 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 62.725 % / Biso Wilson estimate: 157.33 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.266 / Rrim(I) all: 0.269 / Χ2: 0.723 / Net I/σ(I): 13.61 / Num. measured all: 2202591 / Scaling rejects: 1302
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.4-3.663.3527.020.63348501555755010.3217.07599
3.6-3.863.2023.7521.54278153444144010.6353.78299.1
3.8-463.6242.1832.93226946358735670.8452.20199.4
4-562.4770.7768.6465625610568105040.9810.78299.4
5-663.6990.41815.46297603469646720.9940.42199.5
6-862.1930.1928.14231420374237210.9990.19299.4
8-1060.9710.08158.4809701335132810.08299.5
10-48.658.2280.05378.77827421453142110.05397.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1-4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P6V

4p6v
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.4→48.6 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3061 1788 5.09 %
Rwork0.2704 33308 -
obs0.2722 35096 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 601.93 Å2 / Biso mean: 217.1455 Å2 / Biso min: 74.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14045 0 499 0 14544
Biso mean--209.57 --
残基数----1833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.490.38051410.39252556269799
3.49-3.590.47561220.41612548267099
3.59-3.710.48351320.38192539267199
3.71-3.840.39381450.31382555270099
3.84-40.39351360.278925372673100
4-4.180.28491380.272558269699
4.18-4.40.31921290.26742564269399
4.4-4.670.25691770.22732521269899
4.67-5.030.30091250.23125742699100
5.03-5.540.32191290.24642582271199
5.54-6.340.33041550.273525512706100
6.34-7.980.28961350.289225862721100
7.98-48.60.27511240.25822637276199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1179-0.7659-1.09133.06330.03360.4040.0294-0.59530.1458-0.2144-0.00930.1039-0.6892-0.3915-0.00061.62840.07580.29221.76870.33961.4997-35.7042-22.2129-26.3462
20.81831.1852-0.90641.7078-1.21090.95860.07480.0323-0.52141.90820.0924-1.0176-0.43310.0049-0.00021.9203-0.2103-0.27131.5080.18811.5521-38.082-29.2588-44.6068
32.8273-0.1560.63491.01090.38190.28260.285-1.0379-0.59440.0153-0.86290.47890.4525-0.3017-01.5141-0.2199-0.14261.38540.05271.4197-27.2606-31.6377-30.6833
41.418-0.77490.69141.0075-0.7650.55920.4086-0.1787-0.9312-1.1773-0.41460.3730.59030.4644-0.00052.2165-0.2302-0.26871.64370.20742.2718-18.9018-31.5316-24.6819
50.4012-0.4886-0.71370.41810.76781.0572-0.46890.3869-0.6459-0.56840.5507-0.1782-0.0179-1.1535-0.00091.51550.1593-0.05321.4880.12531.5384-39.93-30.0736-28.1256
60.2610.28740.07760.95610.05472.2146-0.61070.0271-0.04520.2723-0.4396-0.23260.27520.5055-0.32671.3669-0.2629-0.430.7103-0.03592.4909-42.692-16.4349-25.9082
70.6614-0.7172-0.23710.79960.63491.55640.3277-0.05030.7207-0.7547-0.1949-1.0412-0.3588-0.0241-0.00021.3577-0.28420.16321.24010.36752.577-22.6888-9.8376-20.5495
80.6985-0.13410.86821.0946-0.71161.4018-1.2354-0.06990.7084-0.30410.58981.4482-0.6589-1.21130.00051.6077-0.0131-0.20081.36090.0091.4833-20.2111-9.3265-29.9406
93.7615-1.33742.40611.7059-1.6952.1333-0.2075-0.40740.57130.9203-0.71640.2534-1.0950.0391-0.29081.3457-0.24930.48311.0530.17850.8224-20.949918.3131.2818
102.9116-0.97840.17270.49460.23320.6583-0.24080.4942-1.4375-0.3290.17351.40410.42090.2333-0.00241.1373-0.2061-0.33551.5601-0.0561.5689-17.806822.0437-8.9323
112.09071.20830.01941.96241.51222.95380.8307-0.5106-0.44030.4242-0.40610.0858-0.0049-0.79230.00250.8715-0.0966-0.02671.18210.16940.8236-3.1717.7181-3.3156
122.9103-0.3184-0.20120.2032-0.51391.7914-0.93410.39980.2517-0.1192-1.0669-0.39710.5630.3621-3.4686-0.91680.35980.63651.01890.64141.755233.792828.0197-36.0249
134.64231.9746-1.01642.6622-1.93591.3426-0.117-0.47861.4986-0.6906-1.07960.82860.75072.7375-0.38082.9945-0.53410.18741.7252-0.0751.021738.618734.2851-9.0533
141.379-1.2626-0.04081.27740.13510.01650.43930.9648-1.3317-0.61730.09320.84620.269-1.66560.11151.8631-0.66460.24871.87960.39971.303622.429833.6675-6.9368
150.0324-0.23710.03862.0192-0.08060.0904-0.59043.349-0.88660.79280.81680.56061.0881-0.51670.02922.0867-0.9798-0.0045.5337-0.52272.813133.941632.79583.2508
161.2340.914-0.25150.7813-0.43672.3346-0.95410.0054-0.0786-0.65740.0580.1507-0.72670.1793-0.26931.1849-0.56160.0991.22340.41080.947214.857825.3138-41.5943
170.17120.23460.18110.61680.30020.3037-0.2359-0.3360.2584-0.2181-0.0264-0.3632-0.58651.1459-2.22281.9645-1.25780.0032.46550.67070.073623.154932.146-30.7072
181.18270.6917-0.8462.28010.70341.4177-0.27390.45881.09020.9419-0.78670.3715-0.74790.1534-0.09021.0233-0.1742-0.13251.33010.05841.02432.784228.5957-31.6865
190.30170.5404-0.30733.6895-1.870.9529-10.3306-19.59060.31053.820617.74441.30751.6198-1.1155-6.77611.6182-0.43910.26084.5953-0.4811.7166-13.68358.4071-39.0092
203.1308-1.2653-1.60762.31751.36761.17080.66460.39380.9886-0.4547-0.66710.3647-0.785-0.34970.29750.7755-0.3542-0.03680.31230.02561.121212.73198.9458-21.1054
210.80620.28440.34121.27790.08450.5885-0.1055-0.8823-0.16270.14570.7236-1.8569-0.12440.35220.25640.42440.71780.30351.27490.25221.750920.7884.6612-29.3156
224.08171.8850.8651.1850.60680.40510.28370.79921.65120.16491.2725-0.9917-0.58430.94430.12741.32920.72671.14822.08980.40423.309542.775316.9642-27.6228
230.71140.0611-0.55360.2466-0.7812.84010.36161.70770.024-0.43980.4122-0.09520.951-0.93150.17260.43770.49950.4851.5645-0.0580.901721.03117.2749-38.4092
242.50780.59590.83471.47521.55051.6582-1.46360.03921.99851.0013-0.2841-1.37180.10610.9241-1.05631.30860.54570.04430.48350.5721.932413.375811.4339-37.3179
250.0527-0.0045-0.17380.0192-0.02780.67460.70850.72171.13880.84890.8562-2.2442-0.099-0.42320.05140.95650.096-0.31561.34010.27842.585925.858313.8954-22.8628
260.1383-0.3754-0.57352.32021.91532.51320.26670.39760.03850.8885-0.14580.2182-1.2812-0.27520.14071.54860.28930.08351.82171.22772.71789.94964.6905-24.0738
270.68910.4161-0.12621.58092.4794.9149-1.2152.186-1.763-1.1-0.2851.5294-1.1087-0.0256-0.91171.0493-0.8038-0.30381.6578-0.4731.2649-12.666412.3813-31.0155
283.54040.0011-0.27420.3818-0.21610.174-0.17270.99120.1854-0.25130.11911.24940.0393-0.27520.23390.9268-0.31740.23510.2016-0.18911.30114.040914.5468-18.2922
291.39791.04091.14941.4043-0.54881.6473-0.224-0.5355-0.7516-0.76430.16820.56090.4701-0.96310.00041.47850.24680.16281.5090.09961.19199.9611-2.9043-54.0233
301.5106-0.06920.17130.1944-0.57944.55650.12160.4883-0.5343-0.66880.5098-0.2274-0.1557-2.60290.3581.61680.20570.0610.52680.04251.8009-24.76460.4091-73.8217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 43 )A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 124 )A44 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 184 )A125 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 185 through 236 )A185 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 237 through 286 )A237 - 286
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 287 through 321 )A287 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 322 through 399 )A322 - 399
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 400 through 446 )A400 - 446
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 35 through 117 )B35 - 117
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 118 through 188 )B118 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 189 through 414 )B189 - 414
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 7 through 52 )C7 - 52
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 53 through 127 )C53 - 127
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 128 through 237 )C128 - 237
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 238 through 254 )C238 - 254
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 6 through 92 )D6 - 92
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 93 through 110 )D93 - 110
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 111 through 208 )D111 - 208
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 209 through 209 )D209
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 2 through 34 )E2 - 34
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 35 through 62 )E35 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 63 through 72 )E63 - 72
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 73 through 109 )E73 - 109
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 110 through 121 )E110 - 121
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 122 through 135 )E122 - 135
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 136 through 165 )E136 - 165
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 166 through 175 )E166 - 175
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 176 through 198 )E176 - 198
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 1 through 124 )F1 - 124
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 125 through 407 )F125 - 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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