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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aav | |||||||||
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タイトル | Human heavy chain ferritin with introduced Cys residues modified with C10 ligand | |||||||||
要素 | Ferritin heavy chain, N-terminally processed | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PROTEIN DESIGN (タンパク質設計) / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) / CHARGED PROTEIN CONTAINERS / SELF-ASSEMBLY (自己集合) / PROTEIN MODIFICATION (翻訳後修飾) / UREMIX TOXINS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Boehler, H. / Beck, T. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mater Chem B / 年: 2022 タイトル: Assembly of chemically modified protein nanocages into 3D materials for the adsorption of uremic toxins. 著者: Bohler, H. / Orth-Alampour, S. / Baaten, C. / Riedner, M. / Jankowski, J. / Beck, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aav.cif.gz | 315.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aav.ent.gz | 255.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aav.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/8aav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/8aav | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5jkkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21114.242 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794 #2: 化合物 | ChemComp-O3K / 分子量: 278.229 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24BrNO #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystallization of little amounts of protein or functionalized protein variants were performed via hanging drop vapor diffusion techniques. Reservoir solution (100 mM Tris, 500 mM MgOAc, pH 8. ...詳細: Crystallization of little amounts of protein or functionalized protein variants were performed via hanging drop vapor diffusion techniques. Reservoir solution (100 mM Tris, 500 mM MgOAc, pH 8.5) was prepared in a 24- well manual plate set. Drops were prepared on siliconized glass cover slides (Jena Bioscience) by mixing 2 microL reservoir solutions with 1 microL 50 mM Tris, 1 M NaCl, pH 7.5 buffer and 1 microL of respective ferritin variant. Plates were incubated at 298K. After one day first crystals were visible. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→48.54 Å / Num. obs: 132696 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 43.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JKK 解像度: 2→48.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.17 Å2 / Biso mean: 16.458 Å2 / Biso min: 5.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→48.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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