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Yorodumi- PDB-7zid: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zid | ||||||
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Title | Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum in complex with BDA-14 | ||||||
Components | Aspartate carbamoyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor. | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Wang, C. / Zhang, B. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2022 Title: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials. Authors: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zid.cif.gz | 718.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zid.ent.gz | 593.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zid.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zid | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7zczC 7zeaC 7zgsC 7zhiC 7zp2C 7zstC 5ilqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 40350.762 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum 3D7 (eukaryote) / Strain: isolate 3D7 / Gene: PF3D7_1344800 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EIZ / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→45.599 Å / Num. obs: 43972 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.65 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Num. unique obs: 43972 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.063 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ILQ Resolution: 2.55→45.599 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.202 / SU B: 32.499 / SU ML: 0.292 / Average fsc free: 0.8519 / Average fsc work: 0.8707 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.458 / ESU R Free: 0.277 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.47 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→45.599 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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