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- PDB-7zcz: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zcz | ||||||
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Title | Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor 1-(4-chlorophenyl)methanamine | ||||||
![]() | Aspartate carbamoyltransferase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, C. / Zhang, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials. Authors: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 749.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 611.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7zeaC ![]() 7zgsC ![]() 7zhiC ![]() 7zidC ![]() 7zp2C ![]() 7zstC ![]() 5ilqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 40350.762 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A5K1K910, ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.85 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.45→45.04 Å / Num. obs: 49863 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.53 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Num. unique obs: 49863 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.482 / Rrim(I) all: 0.712 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5ILQ Resolution: 2.45→43.425 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 19.321 / SU ML: 0.193 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.228 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.676 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→43.425 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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