+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zhc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Moss spermine/spermidine acetyl transferase (PpSSAT) in complex with AcetylCoA and polyethylen glycol | ||||||
要素 | N-acetyltransferase domain-containing protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SSAT / COENZYME A (補酵素A) / ACYLTRANSFERASE (アシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | N-acetyltransferase activity / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.819 Å | ||||||
データ登録者 | Morera, S. / Kopecny, D. / Vigouroux, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Plant J. / 年: 2023 タイトル: Biochemical and structural basis of polyamine, lysine and ornithine acetylation catalyzed by spermine/spermidine N-acetyl transferase in moss and maize. 著者: Belicek, J. / Luptakova, E. / Kopecny, D. / Frommel, J. / Vigouroux, A. / Cavar Zeljkovic, S. / Jagic, F. / Briozzo, P. / Kopecny, D.J. / Tarkowski, P. / Nisler, J. / De Diego, N. / Morera, S. / Kopecna, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zhc.cif.gz | 178.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7zhc.ent.gz | 140.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zhc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7zktC 2beiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26103.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ) 遺伝子: PHYPA_008003 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2K1KKM6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-1PE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 10% PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.99187 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.819→48.89 Å / Num. obs: 23866 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 35.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.819→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.138 / Num. unique obs: 1194 / CC1/2: 0.497 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BEI 解像度: 1.819→48.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.17 Å2 / Biso mean: 42.44 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.819→48.89 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|